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万見
- PDB-3bp5: Crystal structure of the mouse PD-1 and PD-L2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bp5
タイトルCrystal structure of the mouse PD-1 and PD-L2 complex
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 2
  • Programmed cell death protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PD-1 / PD-L2 / Complex / Costimulation / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Membrane / Transmembrane / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production ...Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / signaling receptor activity / adaptive immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / : / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Programmed cell death protein 1 / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / : / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1 / Programmed cell death 1 ligand 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yan, Q. / Lazar-Molnar, E. / Cao, E. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the complex between programmed death-1 (PD-1) and its ligand PD-L2.
著者: Lazar-Molnar, E. / Yan, Q. / Cao, E. / Ramagopal, U. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Programmed cell death 1 ligand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0663
ポリマ－35,9742
非ポリマー921
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.933, 84.056, 52.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / Protein PD-1 / mPD-1 / CD279 antigen


分子量: 13176.714 Da / 分子数: 1 / 断片: Extrocellular domain / 変異: C50S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdcd1, Pd1 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q02242
#2: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 2 / Programmed death ligand 2 / PD-L2 / PD-1-ligand 2 / PDCD1 ligand 2 / Butyrophilin B7-DC / B7-DC / ...Programmed death ligand 2 / PD-L2 / PD-1-ligand 2 / PDCD1 ligand 2 / Butyrophilin B7-DC / B7-DC / CD273 antigen


分子量: 22797.139 Da / 分子数: 1 / 断片: Extrocellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdcd1lg2, B7dc, Btdc, Cd273, Pdl2 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9WUL5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Tris pH 8.5, Sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 39403 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.763.50.573197.8
1.76-1.833.70.5198.4
1.83-1.9140.399198.6
1.91-2.024.30.305199.3
2.02-2.144.60.231199.5
2.14-2.314.80.173199.7
2.31-2.544.90.13199.8
2.54-2.915.10.095199.7
2.91-3.665.50.054199.8
3.66-305.80.035199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0034精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1npu, 1pkq

1npu

1pkq


解像度: 1.8→24.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.743 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22848 1666 5 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.19169 31433 98.62 %-
all-39378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.223 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.34 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 0 6 149 2561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9593467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.9765325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16123.879116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.80615442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9651520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.3944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.51694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.5325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.346
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.98721597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.28732549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23421060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6523908
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 109 -
Rwork0.245 2164 -
obs--92.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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