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- PDB-3bny: Crystal structure of aristolochene synthase complexed with 2-fluo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bny
タイトルCrystal structure of aristolochene synthase complexed with 2-fluorofarnesyl diphosphate (2F-FPP)
要素Aristolochene synthase
キーワードLYASE / sesquiterpene cyclase / isoprenoid / farnesyl diphosphate / magnesium / cyclization
機能・相同性
機能・相同性情報


aristolochene synthase / aristolochene synthase activity / small molecule metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-FPF / Aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Shishova, E.Y. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: X-ray Crystallographic Studies of Substrate Binding to Aristolochene Synthase Suggest a Metal Ion Binding Sequence for Catalysis
著者: Shishova, E.Y. / Yu, F. / Miller, D.J. / Faraldos, J.A. / Zhao, Y. / Coates, R.M. / Allemann, R.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aristolochene synthase
B: Aristolochene synthase
C: Aristolochene synthase
D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,99013
ポリマ－146,0954
非ポリマー1,8959
水9,422523
1
A: Aristolochene synthase
D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9516
ポリマ－73,0472
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-19.5 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
2
B: Aristolochene synthase
C: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0407
ポリマ－73,0472
非ポリマー9925
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-21.7 kcal/mol
Surface area28140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.654, 147.862, 83.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aristolochene synthase


分子量: 36523.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: Ari1 / プラスミド: pET11-rASA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UR08, aristolochene synthase

-
非ポリマー , 5種, 532分子

#2: 化合物
ChemComp-FPF / (2Z,6E)-2-fluoro-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-[(2Z,6E)-2-フルオロ-3,7,11-トリメチルドデカ-2,6,10-トリエニル]


分子量: 400.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27FO7P2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 6000, 100 mM Tris (pH 8.5), 0.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日
詳細: Platinum-coated 1:1 focusing toroidal mirror. Double silicon crystal monochromator.
放射モノクロメーター: Double silicon crystal monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→61.08 Å / Num. all: 104421 / Num. obs: 104421 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 13457 / % possible all: 77.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2E4O

2e4o


解像度: 1.89→22.33 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 5264 RANDOM
Rwork0.224 --
all-104343 -
obs-104343 -
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.86 Å20 Å21.87 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----5.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-61.08 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→22.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9567 0 114 523 10204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.96 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.335 453
Rwork0.287 -
obs-13457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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