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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bnt
タイトルCrystal Structure of the Homo sapiens Mitochondrial Ribosomal Decoding Site in the Presence of [Co(NH3)6]Cl3 (A1555G mutant, Br-derivative)
要素A site of human mitochondrial ribosome
キーワードRNA / ribosome / decoding site
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kondo, J. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: The bacterial and mitochondrial ribosomal A-site molecular switches possess different conformational substates
著者: Kondo, J. / Westhof, E.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_diffrn_reflns_shell / Item: _pdbx_diffrn_reflns_shell.percent_possible_obs
改定 2.02024年2月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A site of human mitochondrial ribosome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2713
ポリマ－7,0871
非ポリマー1842
水97354
1
A: A site of human mitochondrial ribosome
ヘテロ分子

A: A site of human mitochondrial ribosome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5426
ポリマ－14,1742
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.865, 74.865, 22.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-78-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 A site of human mitochondrial ribosome


分子量: 7087.131 Da / 分子数: 1 / 変異: A1555G / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium cacodylate, KCl, spermine tetrachloride, paromomycin, 2-methyl-2,4-pentanediol, hexammine cobalt chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCl11
3Sodium cacodylate11
4[Co(NH3)6]Cl311
5MPD12
6KCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.91950, 0.91984, 0.91637
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91951
20.919841
30.916371
Reflection冗長度: 9.9 % / Av σ(I) over netI: 5.1 / 数: 33495 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / D res high: 2.301 Å / D res low: 37.406 Å / Num. obs: 3368 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.2737.4199.410.070.078.3
5.147.2799.910.0560.0569
4.25.1410010.0650.0659.3
3.644.210010.0790.0799.7
3.253.6410010.0760.0769.9
2.973.2510010.0810.0819.9
2.752.9710010.0950.09510.1
2.572.7510010.1460.14610.3
2.422.5710010.2330.23310.5
2.32.4210010.3040.30410.5
反射解像度: 2.3→37.432 Å / Num. obs: 3374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.4210.50.2632.449214700.263100
2.42-2.5710.40.1813.547944630.181100
2.57-2.7510.20.1164.843934310.116100
2.75-2.97100.0856.540334040.085100
2.97-3.259.90.07637893820.07100
3.25-3.649.90.0657.832693310.065100
3.64-4.29.70.0727.729313020.072100
4.2-5.149.40.0598.524422610.059100
5.14-7.2790.0479.618972100.047100
7.27-37.438.30.0529.39961200.05297.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.91643.8-5.25
13 wavelength20.91954.01-6.68
13 wavelength30.91993.85-7.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
SOLVE2.12位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.432 Å / FOM work R set: 0.768 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 335 9.9 %
Rwork0.217 --
obs-3368 99.9 %
溶媒の処理Bsol: 43.732 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 34.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.608 Å2-1.671 Å20 Å2
2---0.608 Å20 Å2
3---1.215 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 464 8 54 526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2bru.parambru.top
X-RAY DIFFRACTION3nco_xplor.paramnco_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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