PDB-3bly: Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, E542K/L537W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bly

タイトル

Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, E542K/L537W

要素

Pyranose oxidase

ピラノースオキシダーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GMC OXIDOREDUCTASE / E542K/L537W THERMOSTABLE MUTANT /

ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) / PHBH FOLD /

HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

ピラノースオキシダーゼ /

pyranose oxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

flavin adenine dinucleotide binding /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes multicolor (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Improving thermostability and catalytic activity of pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor by rational and semi-rational design
著者: Spadiut, O. / Leitner, C. / Salaheddin, C. / Varga, B. / Vertessy, B.G. / Tan, T.C. / Divne, C. / Haltrich, D.

履歴

登録	2007年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bly.cif.gz	133.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bly.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3bly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3bly	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bg6C 3bg7C 1tt0 2igk 2igm 2ign 2igo C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mos-1 2f6c-1 3pl8-1 4moh-1 4moq-1 2f5v-1 4mol-d 3lsm-1 4mog-1 4mof-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

70.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
282 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.430, 103.430, 118.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1122- HOH

#1: タンパク質	Pyranose oxidase / ピラノースオキシダーゼ / Pyranose 2-oxidase 分子量: 69486.906 Da / 分子数: 1 / 変異: E542K, L537W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes multicolor (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, ピラノースオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 12-14(w/v)% monomethylether PEG 2000, 0.1M Mes, 50mM MgCl2, 25% glycerol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→51 Å / Num. all: 51240 / Num. obs: 51240 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 7193 / R_sym value: 0.627 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→47.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.42 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18124	504	1 %	RANDOM
R_work	0.14864	-	-	-
all	0.14897	50735	-	-
obs	0.14897	50735	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4524	0	65	354	4943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.003 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	67	-
R_work	0.152	7301	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4791	0.2965	-0.2289	1.6695	-0.0869	1.4465	-0.0003	0.1253	0.0026	-0.0668	0.0124	0.0305	-0.0172	-0.07	-0.0121	0.0573	-0.0046	0.0023	0.0795	-0.0076	0.0448	68.6426	51.0744	17.207
2	1.051	0.0768	-0.0251	0.2395	-0.6836	1.988	0.0175	-0.1802	0.1256	0.1265	-0.0155	0.2079	-0.1923	-0.2701	-0.002	0.0442	-0.0116	0.0034	0.0815	-0.0097	0.0696	52.1675	59.9679	33.0099
3	1.016	0.4805	-0.339	0.5136	-0.2274	0.1288	0.0148	-0.0443	-0.0237	0.0011	-0.0038	-0.0312	-0.036	0.0031	-0.011	0.0574	-0.0041	0.0054	0.0734	-0.0093	0.0451	60.421	35.2746	51.4149
4	0.5198	-0.5665	1.1635	1.2379	-2.0655	4.5449	-0.0279	-0.0433	0.0198	0.1037	-0.0234	-0.0622	-0.0367	0.1029	0.0513	0.0716	0.0035	0.0184	0.0833	-0.0136	0.06	68.2333	47.3385	40.038
5	1.8582	0.3269	-0.2986	0.9821	-0.1888	1.4882	0.001	0.0343	0.0612	-0.0268	-0.0185	-0.1847	-0.1085	0.2707	0.0175	0.0837	-0.0101	0.0147	0.0745	-0.0052	0.0726	80.1348	66.6011	29.0851
6	0.7664	-0.1725	-0.6719	1.666	1.8233	2.4732	0.0739	0.1283	0.0643	-0.1568	-0.0633	0.0075	-0.1582	-0.1572	-0.0106	0.0718	0.0112	0.0011	0.0609	0.0204	0.0565	62.2251	77.9202	37.1073
7	12.0005	5.4137	3.4572	2.7771	-0.0054	8.3113	-0.1201	-0.2527	0.668	0.3419	-0.064	0.0705	-0.401	-0.197	0.1842	0.0986	-0.0027	0.0006	0.0566	0.0079	0.0778	72.7551	83.594	49.6051
8	0.3775	-0.0125	0.0396	1.1049	0.8033	0.957	-0.0115	0.0838	-0.002	-0.1251	-0.0605	0.1528	-0.096	-0.0988	0.072	0.0787	-0.0021	0.003	0.0897	0.0194	0.0685	62.0743	67.2644	27.0001
9	2.4944	0.705	-0.9284	2.5259	-0.8354	4.0775	0.0273	0.368	0.0738	-0.2293	0.0708	0.2086	-0.1859	-0.2136	-0.0981	0.0836	-0.0124	0.0102	0.1406	-0.0432	0.0755	65.9335	48.3964	12.3216
10	7.4637	-0.3053	-1.2236	1.0832	0.098	1.1376	-0.0234	0.225	-0.2705	-0.0628	-0.0014	0.0484	0.0818	-0.085	0.0248	0.0783	-0.0078	0.0181	0.0533	-0.0292	0.0705	76.4138	36.2008	19.383
11	2.0311	-0.2009	-0.766	2.123	0.0226	2.5558	-0.0619	-0.1641	-0.2213	0.1676	0.0307	-0.1189	0.2303	0.2076	0.0312	0.0587	-0.0005	0.0239	0.0677	-0.0176	0.115	79.1219	39.4438	28.3747
12	3.6659	0.1758	-1.3003	4.6697	3.1879	5.9845	-0.0853	0.0516	-0.2632	-0.0015	0.0593	-0.1705	0.1103	0.1834	0.0259	0.0718	-0.0025	-0.0025	0.0852	0.0226	0.0885	85.1653	45.7943	36.5933
13	1.4262	-0.995	0.2198	2.4167	-0.1478	0.6703	-0.0596	-0.0134	0.1581	0.0997	0.0243	0.0492	-0.1229	-0.0868	0.0352	0.0687	-0.0055	-0.0002	0.0883	-0.0036	0.0641	55.5221	80.0683	50.5676
14	5.3598	-0.8771	-0.5764	1.9441	0.4475	1.2706	-0.0421	0.0142	0.201	-0.0796	0.0215	0.0739	-0.0532	-0.0565	0.0206	0.0784	0.008	-0.0346	0.051	0.0459	0.0857	48.1557	92.4694	43.1076
15	2.0816	-0.9788	-0.1872	0.8386	0.0967	0.5034	-0.0117	0.1147	-0.0419	-0.0321	-0.0202	0.1158	-0.0306	-0.0747	0.0319	0.082	-0.0112	0.001	0.0697	0.0098	0.0686	58.1539	75.6334	43.267
16	3.623	-1.1147	-1.0943	2.5103	0.2532	0.3338	-0.1116	0.0728	-0.4584	-0.0512	0.0232	-0.014	0.4811	0.0829	0.0884	0.0962	-0.0132	-0.0012	0.0546	-0.0059	0.036	50.061	65.6626	49.6014
17	1.5586	-1.5204	-0.9145	2.0785	0.8796	0.6066	-0.0696	-0.0469	-0.1005	0.0389	0.0987	-0.0634	0.0646	0.0968	-0.0291	0.0696	-0.0021	0.0027	0.0779	0.0005	0.0564	73.3543	61.2544	46.3988
18	3.8737	1.071	0.9855	3.1169	0.1234	2.4048	0.0657	-0.0168	-0.2466	0.0443	-0.0173	-0.0405	0.2725	-0.0254	-0.0484	0.0818	0.0006	0.0343	0.0802	0.0064	0.0929	74.076	38.0781	39.9801
19	1.4365	-0.5779	-0.1734	1.1174	0.033	0.7327	-0.0358	0.089	-0.116	-0.0419	0.0119	-0.0585	0.0988	0.0519	0.0238	0.0716	-0.0028	0.0012	0.0812	0.0024	0.0483	70.2382	63.5427	52.3573
20	0.9115	-0.2555	-0.2761	0.9599	0.2887	1.5127	-0.0273	0.0585	-0.0272	-0.0312	0.0242	-0.1008	0.0219	0.0687	0.0031	0.0581	-0.0185	0.0235	0.0723	-0.0107	0.0912	83.4097	53.9269	25.0291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	46 - 85	46 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	86 - 107	86 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	108 - 146	108 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	147 - 165	147 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	166 - 205	166 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	206 - 227	206 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	228 - 233	228 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	234 - 265	234 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	266 - 285	266 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	286 - 307	286 - 307
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	308 - 346	308 - 346
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	347 - 358	347 - 358
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	359 - 385	359 - 385
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	386 - 413	386 - 413
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	414 - 452	414 - 452
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	453 - 466	453 - 466
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	467 - 483	467 - 483
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	484 - 505	484 - 505
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	506 - 548	506 - 548
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	549 - 618	549 - 618

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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