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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3blo | ||||||
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タイトル | TGT mutant in complex with queuine | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TGT mutant / queuine / Glycosyltransferase / Metal-binding / Queuosine biosynthesis / tRNA processing | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tidten, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Investigation of Specificity Determinants in Bacterial tRNA-Guanine Transglycosylase Reveals Queuine, the Substrate of Its Eucaryotic Counterpart, as Inhibitor 著者: Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Immekus, F. / Glinca, S. / Nguyen, T.X. / Gerber, H.D. / Heine, A. / Klebe, G. / Reuter, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 774.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 781.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2nqzC ![]() 2nsoSC ![]() 3bl3C ![]() 3bldC ![]() 3bllC ![]() 4e2vC ![]() 4gcxC ![]() 4gd0C ![]() 4h6eC ![]() 4h7zC ![]() 4hqvC ![]() 4hshC ![]() 4hvxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42879.613 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106F, C158V, A232S, V233G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-QEI / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEE REF. 1 AND 2 IN THE SEQUENCE DATABASE, TGT_ZYMMO. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris/HCl, 1mM DTT, 5% PEG 8000, 10% DMSO, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→8 Å / Num. all: 51989 / Num. obs: 51989 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 18 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2nso 解像度: 1.6→8 Å / Num. parameters: 11562 / Num. restraintsaints: 11135 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 2583 / Occupancy sum non hydrogen: 2852 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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