PDB-3bjh: Soft-SAD crystal structure of a pheromone binding protein from th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bjh

タイトル

Soft-SAD crystal structure of a pheromone binding protein from the honeybee Apis mellifera L.

要素

Pheromone-binding protein ASP1

キーワード

PHEROMONE BINDING PROTEIN / Honeybee / Apis mellifera / signal transduction

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lartigue, A. / Gruez, A. / Briand, L. / Blon, F. / Bezirard, V. / Walsh, M. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Sulfur single-wavelength anomalous diffraction crystal structure of a pheromone-binding protein from the honeybee Apis mellifera L.
著者: Lartigue, A. / Gruez, A. / Briand, L. / Blon, F. / Walsh, M. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2007年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2007年12月18日	ID: 1R5R
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bjh.cif.gz	40.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bjh.ent.gz	27.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bjh_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bjh_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	3bjh_validation.xml.gz	4.9 KB	表示
CIF形式データ	3bjh_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h8v 3bfa 3bfb 3bfh
類似構造データ	6roz-2 5hr1-1 3d75-d 2trx-1 3d78-2 3cdn-d 3d73-3 6roz-1 2h71-2 4d6x-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pheromone-binding protein ASP1

ヘテロ分子

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.386, 86.289, 50.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-221- HOH
2	1	A-229- HOH
3	1	A-260- HOH
4	1	A-261- HOH

#1: タンパク質	Pheromone-binding protein ASP1 分子量: 13194.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U9J6, UniProt: Q8WRW5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NBB / N-BUTYL-BENZENESULFONAMIDE / N-ブチルベンゼンスルホンアミド分子量: 213.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₂S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.15M sodium citrate, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.8 Å / Num. obs: 22274 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 5.4 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.062
反射シェル	解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.85 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20645	2234	10.1 %	RANDOM
R_work	0.17147	-	-	-
obs	0.17495	19846	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.08 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	907	0	20	158	1085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.992	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.798	3.008	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.609	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.688	27.111	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.954	15	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.103	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.261	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.17	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.798	1.5	760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.199	1.5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.013	2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.513	3	418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.968	4.5	341

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	166	-
R_work	0.191	1442	-
obs	-	1442	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5644	-0.7131	0.7883	2.8798	-2.1284	4.9897	-0.0279	0.0382	0.2414	0.1621	-0.2743	-0.3601	-0.416	0.6279	0.3022	-0.3563	-0.0691	-0.0238	-0.1821	0.0241	-0.1738	11.408	11.725	-4.917
2	14.4987	0.1734	-5.0735	1.4905	0.7752	2.8145	-0.4248	0.4353	-0.5238	-0.2442	0.2436	-0.2549	0.4237	-0.0292	0.1812	-0.1521	-0.2236	0.0081	0.1391	-0.1039	-0.0849	19.56	18.703	9.203
3	5.4872	1.6413	1.5349	8.7289	1.8479	6.7579	-0.1126	-0.1397	0.3552	-0.004	-0.0213	-0.1606	-0.8839	0.3305	0.1339	-0.2494	-0.0569	-0.0074	-0.1862	-0.0156	-0.2138	7.065	15.669	4.537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 69	3 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	70 - 88	70 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	89 - 119	89 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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