PDB-3bj1: met-Perch Hemoglobin at pH 5.7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bj1

タイトル

met-Perch Hemoglobin at pH 5.7

要素

hemoglobin alpha
hemoglobin beta

キーワード

OXYGEN BINDING / hemoglobin / autooxidation / heme loss / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Perca flavescens (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Aranda IV, R. / Cai, H. / Levin, E.J. / Richards, M.P. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of fish versus mammalian hemoglobins: Effect of the heme pocket environment on autooxidation and hemin loss.
著者: Aranda, R. / Cai, H. / Worley, C.E. / Levin, E.J. / Li, R. / Olson, J.S. / Phillips, G.N. / Richards, M.P.

履歴

登録	2007年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bj1.cif.gz	135 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bj1.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bj1_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bj1_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3bj1_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	3bj1_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bj1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qspC 2qssC 2r1hC 3bj2C 3bj3C 1ouuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bj2-d 1mko-d 3bj3-d 6hit-1 1sdl-d 1xq5-d 3fs4-d 2zlu-1 3b75-2 6iyh-1 5x2r-1 6bb5-1 3nl7-1 5woh-d 2hco-1 6xe7-d 6kye-1 5x2s-1 2mhb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (4) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (4) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (4)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (4)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (4)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (4)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (4)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (4)

登録構造単位

A: hemoglobin alpha

B: hemoglobin beta

C: hemoglobin alpha

D: hemoglobin beta

A: ACETYL GROUP

C: ACETYL GROUP

ヘテロ分子

65.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.225, 84.780, 121.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	hemoglobin alpha 分子量: 15523.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perca flavescens (魚類) / 参照: UniProt: D0VWS3*PLUS
#2: タンパク質	hemoglobin beta 分子量: 16085.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perca flavescens (魚類) / 参照: UniProt: D0VWV3*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: GRADED MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→69.67 Å / Num. obs: 44493

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OUU

1ouu

解像度: 1.9→69.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.55 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22989	2367	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18478	-	-	-
obs	0.18707	44493	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→69.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4434	0	178	340	4952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	2.067	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.075	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.508	24.086	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.043	15	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.627	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	1.5	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.517	2	4586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.685	3	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.973	4.5	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	134	-
R_work	0.229	2766	-
obs	-	-	84.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9038	0.4537	0.3309	3.1426	0.1386	3.1338	0.0157	0.2484	-0.0137	-0.142	-0.0185	-0.2913	0.2052	0.4716	0.0028	0.1477	0.0948	0.0602	0.1832	-0.0005	0.1458	36.0021	-4.8974	37.3129
2	0.9331	-0.1641	0.2935	1.7494	-0.5493	1.5801	0.1143	0.1244	-0.0004	-0.059	-0.1364	-0.1386	0.2375	0.2234	0.0221	0.2267	0.0494	0.0448	0.1765	-0.0102	0.1516	33.106	-8.8267	41.1305
3	1.0353	0.4572	-0.9245	0.5941	-3.4628	24.6153	0.1337	-0.0424	-0.196	-0.1064	-0.2905	0.3059	0.6901	0.0109	0.1568	0.2891	0.0709	0.026	0.1742	-0.0207	0.2394	32.7235	-11.7003	54.7387
4	3.9798	1.34	-0.6107	3.6293	-0.8456	1.921	-0.0739	0.1822	0.1291	-0.1204	0.0619	0.1029	-0.1229	-0.1069	0.0119	0.1362	0.0156	0.0118	0.1531	0.0053	0.0539	20.1322	9.4826	35.9802
5	0.1035	-0.8331	-1.5122	6.7084	12.1761	22.1003	0.2036	-0.4195	-0.6347	0.6162	-1.1138	1.1087	1.7559	-3.4205	0.9102	0.5387	-0.2466	-0.0452	0.8496	0.0425	0.6234	3.7697	-1.4009	41.5529
6	2.144	-0.5109	-0.8127	1.9597	0.4363	1.8044	-0.068	0.0084	0.0904	-0.0793	0.0112	0.0371	-0.0964	-0.0523	0.0568	0.177	0.015	-0.0168	0.1818	0.0153	0.1311	18.1243	11.5727	41.4326
7	1.9758	-0.7798	-0.0686	2.4099	-0.0111	1.9995	-0.1097	-0.0992	0.082	0.2582	0.0775	0.0155	0.1006	-0.1918	0.0322	0.1362	-0.0669	0.0348	0.1666	0.0037	0.1295	12.6381	-6.1141	69.5106
8	1.6177	0.3272	0.2974	1.3957	0.2134	1.7996	0.0284	0.0038	0.0173	-0.0633	-0.0553	0.021	0.21	-0.1345	0.0269	0.1993	-0.0335	0.0352	0.1617	0.0278	0.1423	15.584	-9.7455	65.6425
9	0.985	-0.0474	-2.6981	0.7698	-3.6048	25.5608	-0.2937	-0.038	-0.419	-0.4077	-0.2294	-0.3934	1.0591	-0.1024	0.5231	0.2578	-0.0396	0.0638	0.2263	0.0548	0.275	16.0649	-11.9226	51.6642
10	3.0529	-0.1181	-0.2037	3.4915	0.3799	1.1168	0.0012	-0.1447	0.1294	0.1532	0.0125	-0.052	-0.0092	0.0158	-0.0137	0.1212	-0.0218	-0.0105	0.1701	-0.0069	0.1104	29.0013	8.1492	71.0618
11	30.9456	32.9819	-3.2867	41.608	-7.4956	19.639	-1.2362	1.9859	-2.0399	-1.0973	1.6884	-3.2082	0.8464	0.6207	-0.4522	0.1191	0.0608	-0.0388	0.3194	-0.1349	0.5923	44.5015	-3.6991	69.1928
12	2.2378	0.991	-0.2779	2.4323	-0.1621	0.6352	-0.04	0.1186	0.1633	-0.0042	0.0723	0.0342	-0.0064	-0.0495	-0.0322	0.1406	-0.0132	-0.0223	0.1859	0.0066	0.1517	29.5323	11.6814	66.378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 52	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	53 - 133	53 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	134 - 142	134 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 40	1 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	41 - 51	41 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	52 - 146	52 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	1 - 51	1 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	52 - 133	52 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	134 - 142	134 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	1 - 43	1 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	44 - 55	44 - 55
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	56 - 146	56 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)