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- PDB-3bib: Tim-4 in complex with phosphatidylserine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bib
タイトルTim-4 in complex with phosphatidylserine
要素T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / BETA BARREL / IMMUNOGLOBULIN FOLD / IgV DOMAIN / TIM / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Membrane / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal rearrangement involved in phagocytosis, engulfment / apoptotic cell clearance / phosphatidylserine binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Santiago, C. / Ballesteros, A. / Kaplan, G.G. / Freeman, G.J. / Casasnovas, J.M.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2007
タイトル: Structures of T Cell Immunoglobulin Mucin Protein 4 Show a Metal-Ion-Dependent Ligand Binding Site where Phosphatidylserine Binds.
著者: Santiago, C. / Ballesteros, A. / Martinez-Munoz, L. / Mellado, M. / Kaplan, G.G. / Freeman, G.J. / Casasnovas, J.M.
履歴
登録2007年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5393
ポリマ－13,0611
非ポリマー4782
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.260, 66.260, 139.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-145-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4 / TIMD-4 / T-cell membrane protein 4 / TIM-4 / Spleen / mucin- containing / knockout of lymphotoxin ...TIMD-4 / T-cell membrane protein 4 / TIM-4 / Spleen / mucin- containing / knockout of lymphotoxin protein / SMUCKLER


分子量: 13061.049 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL CYS-RICH DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: KNOWLES SOLTER, C57BL/6J / 遺伝子: Timd4, Tim4 / プラスミド: pET27B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6U7R4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PSF / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLSERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン


分子量: 455.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34NO10P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE, 10 % JEFFAMINE, 10 mM FeCl3. PROTEIN PRE-INCUBATED WITH 5 mM 1,2 DICAPROYL-sn-GLYCERO-3-(PHOSPHO-L-SERINE) AND 5 mM CaCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 6801 / Num. obs: 6799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 5.7 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TIM-2 HOMOLOGOUS MODEL

解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 16.357 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24831 321 4.8 %RANDOM
Rwork0.21943 ---
obs0.22082 6421 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20.67 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数855 0 27 47 929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.9791213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2145108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39822.43237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92615157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.573159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1480.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.5543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1152876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2193374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1254.5337
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.1533917
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.58348
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.2833881
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 23 -
Rwork0.224 450 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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