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- PDB-3bhy: Crystal structure of human death associated protein kinase 3 (DAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bhy
タイトルCrystal structure of human death associated protein kinase 3 (DAPK3) in complex with a beta-carboline ligand
要素Death-associated protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Death Associated Kinase / DAPK3 / ZIP kinase / ZIPK / DAP kinase 3 / DAP like kinase / Dlk / Structural Genomics Consortium / SGC / Apoptosis / ATP-binding / Chromatin regulator / Nucleotide-binding / Nucleus / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / regulation of cell motility / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / chromosome, centromeric region / regulation of mitotic cell cycle ...regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / regulation of cell motility / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / chromosome, centromeric region / regulation of mitotic cell cycle / regulation of actin cytoskeleton organization / apoptotic signaling pathway / PML body / cellular response to type II interferon / small GTPase binding / spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell shape / chromatin organization / protein autophosphorylation / midbody / regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of translation / regulation of autophagy / intracellular signal transduction / cilium / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAPK3, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...DAPK3, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7CP / Death-associated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Eswaran, J. / Fedorov, O. / Berridge, G. / Niesen, F. / Bracher, F. / Huber, K. / Pike, A.C.W. / Roos, A. ...Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Eswaran, J. / Fedorov, O. / Berridge, G. / Niesen, F. / Bracher, F. / Huber, K. / Pike, A.C.W. / Roos, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: 7,8-dichloro-1-oxo-beta-carbolines as a versatile scaffold for the development of potent and selective kinase inhibitors with unusual binding modes.
著者: Huber, K. / Brault, L. / Fedorov, O. / Gasser, C. / Filippakopoulos, P. / Bullock, A.N. / Fabbro, D. / Trappe, J. / Schwaller, J. / Knapp, S. / Bracher, F.
履歴
登録2007年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600 HETEROGEN AUTHORS STATE THAT ACCORDING TO ELECTRON DENSITY MAPS, ONE OF TWO CHLORINE ATOMS OF THE ... HETEROGEN AUTHORS STATE THAT ACCORDING TO ELECTRON DENSITY MAPS, ONE OF TWO CHLORINE ATOMS OF THE LIGAND 7CP (NAMELY CL1F) SEEMS TO BE CLEAVED. AUTHORS REFINED ITS OCCUPANCY AS 50% AND STILL WERE ABLE TO IDENTIFY AN EXTRA DENSITY PRESENT BETWEEN THE TWO CHLORINES (NAMELY CL1F AND CL1E). THIS EXTRA DENSITY HAS BEEN MODELED AS A CHLORIDE ION (NAMELY CL). AUTHORS CAN NOT EXPLAIN WHY THE CARBON-CHLORINE BOND WAS BROKEN, HOWEVER THEY DO SUSPECT THAT THE PHOTOLYTIC CLEAVAGE IS THE ANSWER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9583
ポリマ－32,5451
非ポリマー4132
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.549, 90.680, 41.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Death-associated protein kinase 3 / DAP kinase 3 / DAP-like kinase / Dlk / ZIP-kinase


分子量: 32545.123 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain: Residues 9-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK3, ZIPK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(R3)
参照: UniProt: O43293, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-7CP / (4R)-7,8-dichloro-1',9-dimethyl-1-oxo-1,2,4,9-tetrahydrospiro[beta-carboline-3,4'-piperidine]-4-carbonitrile


分子量: 377.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18Cl2N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M SPG (sucrose-phosphate-glutamate buffer) pH 6.0, 30% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 8.6 / 数: 254440 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.24 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 68373 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.675096.910.0691.0653.6
2.122.6710010.0661.0813.8
1.852.1210010.0821.0843.8
1.681.8510010.0961.0143.8
1.561.6810010.1341.0353.8
1.471.5610010.1861.0493.7
1.41.4710010.2831.0493.7
1.341.410010.4091.0523.7
1.281.3410010.5291.053.7
1.241.2810010.7071.0483.6
反射解像度: 1.24→50 Å / Num. all: 68642 / Num. obs: 68318 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.24→1.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique all: 6829 / Rsym value: 0.707 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.19 Å
Translation2.5 Å37.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YRP

1yrp


解像度: 1.24→45.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.561 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 3453 5.1 %RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.146 68317 --
obs0.146 68317 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 26 301 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.9792976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9963.0013646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6575266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86323.93999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94215395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3341515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.52831386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4023541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.38252164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.9648949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.89811812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.88734101
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.8143304
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.85633654
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 259 -
Rwork0.209 4665 -
all-4924 -
obs--98.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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