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万見
- PDB-3bh3: Crystal structure of acetoacetate decarboxylase from Chromobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bh3
タイトルCrystal structure of acetoacetate decarboxylase from Chromobacterium violaceum in complex with acetyl acetone Schiff base intermediate
要素Acetoacetate decarboxylase
キーワードLYASE / acetoacetate decarboxylase / Schiff base intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetate decarboxylase / acetoacetate decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能
Acetoacetate decarboxylase, bacterial / Acetoacetate decarboxylase-like / Acetoacetate decarboxylase-like / Acetoacetate decarboxylase / Acetoacetate decarboxylase domain superfamily / Acetoacetate decarboxylase (ADC) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pentan-2-one / Acetoacetate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ho, M. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: The origin of the electrostatic perturbation in acetoacetate decarboxylase.
著者: Ho, M.C. / Menetret, J.F. / Tsuruta, H. / Allen, K.N.
履歴
登録2007年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6628
ポリマ－109,3184
非ポリマー3454
水7,206400
1
A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,98724
ポリマ－327,95312
非ポリマー1,03412
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area48390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.661, 105.661, 252.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Acetoacetate decarboxylase / ADC / AAD


分子量: 27329.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
株: DSM 30191 / IFO 12614 / JCM 1249 / NCIB 9131 / 遺伝子: adc, CV_3520 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NSA6, acetoacetate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-PNH / pentan-2-one / 2-ペンタノン


分子量: 86.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.5M Potassium phoshpate dibasic/Sodium phosphate monobasic, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 60919 / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25094 3091 5.1 %RANDOM
Rwork0.19583 ---
obs0.19868 57827 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7690 0 24 400 8114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9910801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0285977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.01822.448339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.199151225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5371568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.23561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.25209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6791.54929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20427982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84732999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9464.52819
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 208 -
Rwork0.286 4330 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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