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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bh3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetoacetate decarboxylase from Chromobacterium violaceum in complex with acetyl acetone Schiff base intermediate | ||||||
![]() | Acetoacetate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / acetoacetate decarboxylase / Schiff base intermediate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ho, M. / Allen, K.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The origin of the electrostatic perturbation in acetoacetate decarboxylase. 著者: Ho, M.C. / Menetret, J.F. / Tsuruta, H. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 167.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27329.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 30191 / IFO 12614 / JCM 1249 / NCIB 9131 / 遺伝子: adc, CV_3520 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PNH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.5M Potassium phoshpate dibasic/Sodium phosphate monobasic, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 60919 / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.137 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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