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万見
- PDB-3bgf: X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bgf
タイトルX-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab
要素
  • (F26G19 Fab) x 2
  • Spike protein S1
キーワードViral Protein/Immune System / antigen-antibody complex / Envelope protein / Glycoprotein / Host-virus interaction / Membrane / Transmembrane / Virion / Virulence / Viral Protein-Immune System COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pak, J.E. / Rini, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into immune recognition of the severe acute respiratory syndrome coronavirus S protein receptor binding domain.
著者: Pak, J.E. / Sharon, C. / Satkunarajah, M. / Auperin, T.C. / Cameron, C.M. / Kelvin, D.J. / Seetharaman, J. / Cochrane, A. / Plummer, F.A. / Berry, J.D. / Rini, J.M.
履歴
登録2007年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年3月31日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S: Spike protein S1
A: Spike protein S1
L: F26G19 Fab
H: F26G19 Fab
C: F26G19 Fab
B: F26G19 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8906
ポリマ－137,8906
非ポリマー00
水1086
1
A: Spike protein S1
C: F26G19 Fab
B: F26G19 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9453
ポリマ－68,9453
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
手法PISA
2
S: Spike protein S1
L: F26G19 Fab
H: F26G19 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9453
ポリマ－68,9453
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.688, 73.365, 110.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21C
12H
22B
32H
42B
52H
62B
72H
82B
13S
23A
14H
24B
15L
25C
16L
26C
17S
27A
37S
47A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLUGLU2LC1 - 1051 - 105
211ASPASPGLUGLU2CE1 - 1051 - 105
112GLNGLNILEILE2HD3 - 513 - 51
212GLNGLNILEILE2BF3 - 513 - 51
322GLYGLYGLUGLU2HD53 - 8154 - 82
422GLYGLYGLUGLU2BF53 - 8154 - 82
532THRTHRGLNGLN2HD83 - 9987 - 103
632THRTHRGLNGLN2BF83 - 9987 - 103
742ASPASPTHRTHR4HD101 - 110109 - 118
842ASPASPTHRTHR4BF101 - 110109 - 118
113ASPASPSERSER2SA385 - 50068 - 183
213ASPASPSERSER2AB385 - 50068 - 183
114THRTHRHOHHOH2HD - H117 - 215125
214THRTHRHOHHOH2BF - I117 - 215125
115ASPASPGLUGLU2LC110 - 187110 - 187
215ASPASPGLUGLU2CE110 - 187110 - 187
116HISHISASNASN2LC189 - 210189 - 210
216HISHISASNASN2CE189 - 210189 - 210
117PROPROLEULEU4SA324 - 3557 - 38
217PROPROLEULEU4AB324 - 3557 - 38
327SERSERALAALA4SA358 - 38441 - 67
427SERSERALAALA4AB358 - 38441 - 67

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 21858.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
株: TOR2 / 遺伝子: S, 2 / プラスミド: pPA-TEV / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59594
#2: 抗体 F26G19 Fab


分子量: 23458.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 F26G19 Fab


分子量: 23627.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 37614 / Num. obs: 35508 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.92.90.75125871.09269.9
2.9-3.023.70.61130631.1582.4
3.02-3.154.40.5134251.14192.5
3.15-3.325.10.40536521.14298.9
3.32-3.535.60.28837131.132100
3.53-3.85.70.19537341.146100
3.8-4.185.70.12737331.117100
4.18-4.795.80.08137781.115100
4.79-6.035.90.07538301.199.9
6.03-505.60.04439930.99699.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.04 Å10 Å
Translation4.04 Å10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2DDB, 1KEG

2ddb

1keg


解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 46.401 / SU ML: 0.397 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.501 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1495 4.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.237 30321 98.73 %-
all-30760 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3----6.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9411 0 0 6 9417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0771.95213174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.20451201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.98523.829397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.486151524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7181543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.34096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.56596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.5509
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4260.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.64726142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13939802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.33624075
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.54833372
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 96 -
Rwork0.307 1882 -
all-1978 -
obs--89.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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