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万見
- PDB-3bg4: The crystal structure of guamerin in complex with chymotrypsin an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bg4
タイトルThe crystal structure of guamerin in complex with chymotrypsin and the development of an elastase-specific inhibitor
要素
  • Chymotrypsin A chain A
  • Chymotrypsin A chain B
  • Chymotrypsin A chain C
  • Guamerin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / guamerin / chymotrypsin (キモトリプシン) / elastase (エラスターゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / Digestion (消化) / Hydrolase (加水分解酵素) / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Zymogen (酵素前駆体) / Protease inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) / Serine protease inhibitor (セルピン) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of coagulation / キモトリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I15, leech antistasin / Antistasin; domain 1 / Antistasin; domain 1 / Antistasin-like domain / Antistasin family / Antistasin-like domain profile. / Hirudin/antistatin / リボン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site ...Proteinase inhibitor I15, leech antistasin / Antistasin; domain 1 / Antistasin; domain 1 / Antistasin-like domain / Antistasin family / Antistasin-like domain profile. / Hirudin/antistatin / リボン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A / Chymotrypsinogen B / Guamerin
類似検索 - 構成要素
生物種Hirudo nipponia (チスイビル)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, H. / Chu, T.T.T. / Kim, D.Y. / Kim, D.R. / Nguyen, C.M.T. / Choi, J. / Lee, J.R. / Hahn, M.J. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of guamerin in complex with chymotrypsin and the development of an elastase-specific inhibitor.
著者: Kim, H. / Chu, T.T.T. / Kim, D.Y. / Kim, D.R. / Nguyen, C.M.T. / Choi, J. / Lee, J.R. / Hahn, M.J. / Kim, K.K.
履歴
登録2007年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin A chain A
B: Chymotrypsin A chain B
C: Chymotrypsin A chain C
D: Guamerin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3894
ポリマ－31,3894
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.274, 43.992, 122.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Chymotrypsin A chain A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P00766, UniProt: P00767*PLUS, キモトリプシン
#2: タンパク質 Chymotrypsin A chain B


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, キモトリプシン
#3: タンパク質 Chymotrypsin A chain C


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, キモトリプシン
#4: タンパク質 Guamerin


分子量: 6126.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo nipponia (チスイビル) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P46443
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 8762 / Num. obs: 7343 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 876 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CHO

1cho


解像度: 2.5→29.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1261500.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 378 5.4 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 7017 80 %-
all-8762 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8757 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.48 Å20 Å20 Å2
2---3.21 Å20 Å2
3---0.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 0 82 2172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 37 5.7 %
Rwork0.231 610 -
obs-661 75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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