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- PDB-3bfc: class A beta-lactamase SED-G238C complexed with imipenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfc
タイトルclass A beta-lactamase SED-G238C complexed with imipenem
要素Class A beta-lactamase Sed1
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / CLASS A / SED-G238C / IMIPENEM / ACYL-ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IM2 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter sedlakii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pernot, L. / Petrella, S. / Sougakoff, W.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Acyl-intermediate structures of the class A beta-lactamase SED-G238C
著者: Pernot, L. / Petrella, S. / Sougakoff, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of the class A beta-lactamase SED-1 and its mutant SED-G238C from Citrobacter sedlakii
著者: Petrella, S. / Pernot, L. / Sougakoff, W.
履歴
登録2007年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class A beta-lactamase Sed1
B: Class A beta-lactamase Sed1
C: Class A beta-lactamase Sed1
D: Class A beta-lactamase Sed1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5268
ポリマ－113,3214
非ポリマー1,2054
水11,169620
1
A: Class A beta-lactamase Sed1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6322
ポリマ－28,3301
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Class A beta-lactamase Sed1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6322
ポリマ－28,3301
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Class A beta-lactamase Sed1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6322
ポリマ－28,3301
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Class A beta-lactamase Sed1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6322
ポリマ－28,3301
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.436, 73.399, 105.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Class A beta-lactamase Sed1


分子量: 28330.221 Da / 分子数: 4 / 断片: SED-G238C, UNP residues 34-295 / 変異: G238C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter sedlakii (バクテリア)
株: 2596 / 遺伝子: bla-SED-1 / プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93PQ0, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-IM2 / (5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid / IMIPENEM, open form / N-FORMIMIDOYL-THIENAMYCINE, open form


分子量: 301.362 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THREE NUMBERS, 58, 239, AND 253 WERE ...THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THREE NUMBERS, 58, 239, AND 253 WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% PEG MME 2000, 200mM KSCN, 100mM SODIUM CACODYLATE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. all: 60669 / Num. obs: 60669 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 8049 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BFD

3bfd


解像度: 2.2→35 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3061 -RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.215 57592 98.2 %-
all-60653 --
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.21 Å20 Å2-2.44 Å2
2---3.28 Å20 Å2
3---7.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7948 0 80 620 8648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 473 -
Rwork0.252 9238 -
obs-9238 90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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