PDB-3bee: Crystal structure of putative YfrE protein from Vibrio parahaemol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bee

タイトル

Crystal structure of putative YfrE protein from Vibrio parahaemolyticus

要素

Putative YfrE protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putaive YfrE protein / Vibrio parahaemolyticus / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TPR repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome complex assembly / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative YfrE protein from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bee.cif.gz	50.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bee.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3bee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3bee	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1b9w-d 2abd-d 2qsw-d 6vk2-d 1xhh-d 1bte-1 4lbf-2 2l1v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC91400.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative YfrE protein

B: Putative YfrE protein

ヘテロ分子

21.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative YfrE protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative YfrE protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.383, 82.383, 74.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Putative YfrE protein 分子量: 10568.690 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 146-235 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ) 生物種: Vibrio parahaemolyticus / 株: RIMD 2210633 / Serotype O3:K6 / 遺伝子: VP1931 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q87ND7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月4日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 14481 / Num. obs: 14459 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 55.96
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 7.11 / Num. unique all: 1411 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→41.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 7.786 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21447	726	5 %	RANDOM
R_work	0.19093	-	-	-
all	0.1921	14417	-	-
obs	0.1921	14417	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.329 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1447	0	16	103	1566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.973	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.589	5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.529	26.119	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.874	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.879	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.282	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.86	1.5	970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.249	2	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.514	3	614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.429	4.5	536
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	56	-
R_work	0.178	985	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3436	-2.07	-0.359	10.7714	3.6696	4.6088	-0.0049	0.2091	0.2037	-0.2629	-0.363	-0.0273	-0.3452	0.2851	0.3679	-0.0305	-0.0853	-0.0228	-0.0941	-0.0001	-0.0843	14.4415	41.7123	25.0253
2	6.3284	1.1827	0.0157	6.4069	1.3246	3.8446	-0.0375	-0.1628	0.4638	0.0242	-0.2209	0.5075	-0.0817	-0.1401	0.2584	-0.0957	-0.037	0.0281	-0.0875	-0.045	-0.0783	2.8432	30.2731	27.2527
3	11.2478	-5.076	-0.9073	8.6956	0.3039	5.7662	-0.0172	0.0647	0.3363	-0.1922	0.0177	-0.0048	-0.0173	0.344	-0.0005	-0.0087	0.0055	0.0273	-0.1289	0.0172	-0.17	19.9125	25.6789	8.696
4	6.2788	-1.0633	-1.403	3.5559	-0.6648	2.4488	-0.1876	-0.1895	-0.4069	0.1663	0.0248	0.1179	0.2758	0.1389	0.1629	0.0848	0.0823	0.0281	-0.1698	0.0084	-0.1578	19.4101	12.9811	19.6081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	145 - 180	3 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	181 - 235	39 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	145 - 180	3 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	181 - 235	39 - 93

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関連情報:EMDBヘッダ

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