PDB-3bcz: Crystal structure of Memo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bcz

タイトル

Crystal structure of Memo

要素

Protein MEMO1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / alpha/beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of microtubule-based process / ERBB2 Regulates Cell Motility / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Qiu, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Memo Is Homologous to Nonheme Iron Dioxygenases and Binds an ErbB2-derived Phosphopeptide in Its Vestigial Active Site.
著者: Qiu, C. / Lienhard, S. / Hynes, N.E. / Badache, A. / Leahy, D.J.

履歴

登録	2007年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bcz.cif.gz	249.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bcz.ent.gz	201.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bcz_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bcz_full_validation.pdf.gz	486.7 KB	表示
XML形式データ	3bcz_validation.xml.gz	55.3 KB	表示
CIF形式データ	3bcz_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/3bcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/3bcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bd0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c29-1 3bd0-2 5ket-2 3pnz-3 6qpp-d 3lep-d 3mmu-8 3r8h-d 3lz5-d 5tc7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein MEMO1

B: Protein MEMO1

C: Protein MEMO1

D: Protein MEMO1

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein MEMO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein MEMO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein MEMO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein MEMO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.826, 88.849, 98.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS

Dom-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	5	A	A	5 - 297	1 - 293
2	5	B	B	5 - 297	1 - 293
3	6	C	C	6 - 297	2 - 293
4	5	D	D	5 - 297	1 - 293

#1: タンパク質	Protein MEMO1 / Mediator of ErbB2-driven cell motility 1 / Protein memo / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus ...Mediator of ErbB2-driven cell motility 1 / Protein memo / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated protein 7 分子量: 33659.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEMO1, C2orf4, NS5ATP7 / プラスミド: pHT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y316
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22.5% PEG 3350, 0.1 M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.9799 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9799 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 71140 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	6.5	0.606	1	98.2
2.18-2.26	6.6	0.477	1	98.4
2.26-2.37	6.6	0.366	1	98.6
2.37-2.49	6.7	0.32	1	98.8
2.49-2.65	6.6	0.251	1	98.9
2.65-2.85	6.6	0.195	1	99.1
2.85-3.14	6.6	0.139	1	99.3
3.14-3.59	6.6	0.095	1	99.3
3.59-4.52	6.5	0.072	1	99.6
4.52-30	6.3	0.072	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 9.755 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23005	3598	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18298	-	-	-
obs	0.18537	71115	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.812 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9353	0	30	463	9846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	9647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.94	13065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.34	5	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.66	23.479	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.704	15	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.05	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.221	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.072	1.5	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.353	2	9419
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.606	3	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.748	4.5	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1164	medium positional	0.16	0.5
2	B	1164	medium positional	0.14	0.5
3	C	1164	medium positional	0.24	0.5
4	D	1164	medium positional	0.18	0.5
1	A	1152	loose positional	0.53	5
2	B	1152	loose positional	0.58	5
3	C	1152	loose positional	0.64	5
4	D	1152	loose positional	0.54	5
1	A	1164	medium thermal	0.86	2
2	B	1164	medium thermal	1	2
3	C	1164	medium thermal	1.24	2
4	D	1164	medium thermal	1.03	2
1	A	1152	loose thermal	1.91	10
2	B	1152	loose thermal	2.01	10
3	C	1152	loose thermal	2.18	10
4	D	1152	loose thermal	2.13	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	281	-
R_work	0.216	4780	-
obs	-	-	97.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7268	0.1438	-0.3194	1.9436	-0.4942	2.0931	-0.0527	-0.0405	-0.1559	0.0101	-0.0252	-0.0395	0.1356	0.0174	0.0779	0.0525	-0.0053	-0.0166	-0.0425	0.0332	0.0414	-17.3272	-28.7289	17.3472
2	1.0795	-0.0481	-0.1635	0.8163	-0.3594	1.983	-0.041	0.0189	0.0361	0.0818	-0.0304	-0.0752	-0.0677	0.0286	0.0714	0.0268	-0.009	-0.0118	-0.0338	0.0329	0.0666	-16.1036	-20.6942	9.4553
3	2.2909	0.1801	0.2315	1.1679	-0.1194	1.712	-0.0582	-0.1328	0.0571	-0.0087	0.0303	-0.0588	-0.0924	0.1367	0.0279	0.0347	-0.0078	0.0078	0.0311	0.0172	-0.0089	20.7012	-11.5635	-4.4569
4	1.1932	-0.1532	-0.054	0.6272	-0.0033	1.5831	-0.0498	-0.0291	-0.1482	-0.0375	0.0287	0.0149	0.0522	0.0511	0.0211	0.019	-0.0282	0.0116	0.0243	0.0209	0.0316	17.3789	-19.12	-12.2393
5	3.0676	0.1231	0.0962	1.2323	0.2223	1.511	-0.0337	0.4071	0.3169	-0.0112	0.0084	0.0865	-0.1737	0.0077	0.0253	0.0571	-0.0128	0.0202	0.1577	0.0817	0.0479	-19.1492	-12.3336	-44.7606
6	1.6144	0.0553	-0.1825	0.7351	0.3361	1.2603	-0.0296	0.2492	-0.0345	-0.0311	-0.0179	-0.0592	0.0236	0.1364	0.0475	0.0322	-0.0086	0.0123	0.0901	0.0353	0.0407	-15.8389	-19.7262	-36.7421
7	2.0877	-0.2802	-0.3431	1.6222	0.0552	1.824	0.0105	0.0192	-0.1691	0.027	-0.0079	-0.0078	0.1862	-0.0283	-0.0026	0.0571	-0.0236	-0.0277	-0.0225	-0.0205	0.0236	19.3313	-29.5688	31.9728
8	0.959	0.0734	-0.4142	0.6379	-0.0704	2.0482	0.0242	-0.0863	0.0207	-0.0088	0.0139	0.0281	-0.0546	-0.0713	-0.0381	0.0291	0.0008	-0.0014	-0.0017	-0.0063	0.0356	17.5283	-21.3121	39.5684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 87	1 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	88 - 297	84 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	5 - 87	1 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	88 - 297	84 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	6 - 87	2 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	88 - 297	84 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	5 - 87	1 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	88 - 297	84 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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