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万見
- PDB-3bar: Crystal structure of Plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bar
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate decarboxylase covalently modified by 6-azido-UMP
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / Plasmodium falciparum / orotidine 5'-phosphate decarboxylase / covalently / 6-azido-UMP / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, Y. / Bello, A.M. / Poduch, E. / Lau, W. / Kotra, L.P. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure-Activity Relationships of C6-Uridine Derivatives Targeting Plasmodia Orotidine Monophosphate Decarboxylase.
著者: Bello, A.M. / Poduch, E. / Liu, Y. / Wei, L. / Crandall, I. / Wang, X. / Dyanand, C. / Kain, K.C. / Pai, E.F. / Kotra, L.P.
履歴
登録2007年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 600 HETEROGEN THERE IS A COVALENT BOND FORMED BETWEEN CARBON-6 OF THE URIDINE RING OF UMP AND THE NZ- ... HETEROGEN THERE IS A COVALENT BOND FORMED BETWEEN CARBON-6 OF THE URIDINE RING OF UMP AND THE NZ-NITROGEN OF LYS138

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4474
ポリマ－79,7992
非ポリマー6482
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.928, 83.354, 89.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3036-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase


分子量: 39899.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: ompdc / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL(DE23)
参照: UniProt: Q8T6J6, UniProt: Q8IJH3*PLUS, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THERE IS A COVALENT BOND FORMED BETWEEN CARBON-6 OF THE URIDINE RING OF UMP AND THE NZ-NITROGEN OF LYS138

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 100mM Ammonium phosphate, 27% PEG 1000, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日
詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagitally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 44155 / Num. obs: 44155 / % possible obs: 95.37 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique all: 4703 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MacromolecularCrystallography Data Collection (MXDC) GUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q8L

2q8l


解像度: 1.9→24.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.192 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Program coot 0.1.3-pre-1 has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 2357 5.1 %RANDOM
Rwork0.17202 ---
all0.17445 44155 --
obs0.17445 44155 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5308 0 42 256 5606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9657477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8715655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74525.819287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.035151007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0131512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.22779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.23945
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0171.53350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61325288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5332498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7254.52189
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 167 -
Rwork0.196 3250 -
obs-3417 95.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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