[日本語] English
万見
- PDB-3vi2: Crystal Structure Analysis of Plasmodium falciparum OMP Decarboxy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vi2
タイトルCrystal Structure Analysis of Plasmodium falciparum OMP Decarboxylase in complex with inhibitor HMOA
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Orotidine 5 f-monophosphate decarboxylase / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-hydroxy-4-methoxyphenyl)-4-oxobutanoic acid / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Takashima, Y. / Mizohata, E. / Krungkrai, S.R. / Matsumura, H. / Krungkrai, J. / Horii, T. / Inoue, T.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2012
タイトル: The in silico screening and X-ray structure analysis of the inhibitor complex of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
著者: Takashima, Y. / Mizohata, E. / Krungkrai, S.R. / Fukunishi, Y. / Kinoshita, T. / Sakata, T. / Matsumura, H. / Krungkrai, J. / Horii, T. / Inoue, T.
履歴
登録2011年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2507
ポリマ－75,7322
非ポリマー5175
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.970, 201.970, 44.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5 f-monophosphate decarboxylase


分子量: 37866.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ompdc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8T6J6, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-HMZ / 4-(2-hydroxy-4-methoxyphenyl)-4-oxobutanoic acid / 3-[2-ヒドロキシ-4-メトキシベンゾイル]プロピオン酸


分子量: 224.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O5
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris-HCl, 27% PEGmme 2K, 3% 1,6-Hexandiol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: BL38B1 Fixed exit Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37285 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.686 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE WAS REFINED ALSO WITH CNS1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2838 1864 5 %RANDOM
Rwork0.2132 ---
obs0.2167 35421 95.07 %-
all-37285 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.49 Å2 / Biso mean: 27.4 Å2 / Biso min: 2.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5242 0 35 108 5385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.9627260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.065634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.65225.652276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.05515992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.1031512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8851.53170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48125142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40432216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.414.52118
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 125 -
Rwork0.277 2439 -
all-2564 -
obs--89.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97320.5399-0.49561.36380.32650.7592-0.6096-0.30110.6061-0.06210.41230.19570.19590.06270.19730.32330.0076-0.19060.2096-0.03150.304715.960733.27173.1259
21.65430.09420.0383.72580.36260.9338-0.4939-0.0286-0.08170.23740.5383-0.49530.3110.2034-0.04440.35120.0776-0.06780.2497-0.16780.246437.57814.8071-2.8564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 318
2X-RAY DIFFRACTION1A500
3X-RAY DIFFRACTION1A324
4X-RAY DIFFRACTION1A325 - 395
5X-RAY DIFFRACTION2B1 - 318
6X-RAY DIFFRACTION2B600
7X-RAY DIFFRACTION2B324 - 325
8X-RAY DIFFRACTION2B326 - 398

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る