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万見
- PDB-3bac: Structural Basis for the Inhibition of Bacterial NAD+ Dependent D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bac
タイトルStructural Basis for the Inhibition of Bacterial NAD+ Dependent DNA Ligase
要素DNA ligase
キーワードLIGASE / Adenylation Domain / DNA damage / DNA repair / DNA replication / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal ...Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3B9 / PHOSPHATE ION / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pinko, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Bacterial NAD+ Dependent DNA Ligase
著者: Pinko, C. / Borchardt, A. / Nikulin, V. / Su, Y.
履歴
登録2007年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8575
ポリマ－30,1431
非ポリマー7134
水27015
1
A: DNA ligase
ヘテロ分子

A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,71310
ポリマ－60,2872
非ポリマー1,4278
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_885-y+3,-x+3,-z+2/31
Buried area7438 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.031, 95.031, 197.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]


分子量: 30143.256 Da / 分子数: 1 / 断片: Adenylation Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: ligN, lig / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43813, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-3B9 / N-[2-(2,4-diaminopyrido[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-2-methylpropyl]-4-phenoxybenzamide


分子量: 428.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATED THAT THESE CONFLICTS ARE VARIANTS/CONFLICTS BETWEEN DIFFERENT REFERENCES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.15 %
結晶化手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: hanging drop

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→24 Å / Num. obs: 10800 / Biso Wilson estimate: 107.7 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CNX2000.1精密化
精密化解像度: 3→24 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 368416.406 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1114 10.3 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs-10800 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.731 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.11 Å219.83 Å20 Å2
2--5.11 Å20 Å2
3----10.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1998 0 47 15 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 190 11.5 %
Rwork0.333 1463 -
all-1653 -
obs--91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION23235.param
X-RAY DIFFRACTION3po4.param
X-RAY DIFFRACTION4MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION6water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION73235.param
X-RAY DIFFRACTION8po4.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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