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万見
- PDB-3b8p: Fragment of WzzB, Polysaccharide Co-polymerase from Salmonella Ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b8p
タイトルFragment of WzzB, Polysaccharide Co-polymerase from Salmonella Typhimurium
要素Chain length determinant protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / WZZ / WzzB / Bacterial Polysaccharide Co-polymerase / Inner membrane / Lipopolysaccharide biosynthesis / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial polysaccharide co-polymerase-like / FepE-like / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chain length determinant protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tocilj, A. / Matte, A. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Bacterial polysaccharide co-polymerases share a common framework for control of polymer length
著者: Tocilj, A. / Munger, C. / Proteau, A. / Morona, R. / Purins, L. / Ajamian, E. / Wagner, J. / Papadopoulos, M. / Van Den Bosch, L. / Rubinstein, J.L. / Fethiere, J. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2007年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
Remark 300BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ...BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. DETAILS: AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chain length determinant protein
B: Chain length determinant protein
C: Chain length determinant protein
D: Chain length determinant protein
E: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2925
ポリマ－137,2925
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4581
ポリマ－27,4581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4581
ポリマ－27,4581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4581
ポリマ－27,4581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4581
ポリマ－27,4581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4581
ポリマ－27,4581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.972, 112.744, 170.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End label comp-ID: PRO / Refine code: 6

Dom-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLUAA54 - 2923 - 241
2LYSBB55 - 2924 - 241
3GLUCC54 - 2923 - 241
4GLUDD54 - 2923 - 241
5GLUEE54 - 2923 - 241

-
要素

#1: タンパク質
Chain length determinant protein / Polysaccharide antigen chain regulator


分子量: 27458.379 Da / 分子数: 5 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: wzzB, cld, rol / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04866

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 200mM MgCl, 100mM Nacacodylate pH 6.5, 20%PEG 8000, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.31 Å / Num. obs: 27458 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.36 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.317.460.3344.51100
3.31-3.457.420.2585.41100
3.45-3.67.410.1996.71100
3.6-3.797.370.1478.7199.9
3.79-4.037.350.10911.61100
4.03-4.347.40.07515.81100
4.34-4.787.430.05620.51100
4.78-5.467.380.05520.71100
5.46-6.877.280.05620199.9
6.87-29.317.130.04424.7199.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1003.329.2823555885
ANO_10.9503.329.28230590
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_113.25-29.280032045
ISO_19.89-13.250049650
ISO_18.23-9.890063546
ISO_17.2-8.230074442
ISO_16.48-7.20084344
ISO_15.94-6.480093036
ISO_15.51-5.9400102437
ISO_15.17-5.5100109745
ISO_14.88-5.1700116435
ISO_14.64-4.8800123143
ISO_14.43-4.6400130132
ISO_14.24-4.4300134549
ISO_14.08-4.2400141739
ISO_13.93-4.0800145555
ISO_13.8-3.9300150540
ISO_13.68-3.800159944
ISO_13.58-3.6800157355
ISO_13.48-3.5800166850
ISO_13.38-3.4800161942
ISO_13.3-3.3800158956
ANO_113.25-29.280.5303200
ANO_19.89-13.250.60104960
ANO_18.23-9.890.64806350
ANO_17.2-8.230.68307440
ANO_16.48-7.20.71408430
ANO_15.94-6.480.75909290
ANO_15.51-5.940.824010240
ANO_15.17-5.510.831010970
ANO_14.88-5.170.874011620
ANO_14.64-4.880.909012290
ANO_14.43-4.640.921013010
ANO_14.24-4.430.942013450
ANO_14.08-4.240.961014170
ANO_13.93-4.080.979014540
ANO_13.8-3.930.983015030
ANO_13.68-3.80.988015980
ANO_13.58-3.680.993015520
ANO_13.48-3.580.995016030
ANO_13.38-3.480.997014940
ANO_13.3-3.380.999013130
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
11.017-72.541-79.648SE102.440.15
2-4.853-98.668-76.166SE65.690.12
3-26.958-100.21-60.118SE96.890.11
4-34.924-75.084-54.657SE71.450.1
5-17.86-57.796-66.999SE78.090.09
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.63 / 反射: 28847 / Reflection acentric: 27697 / Reflection centric: 1150
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-29.2820.940.950.8414361291145
5.4-8.60.810.820.7344244187237
4.3-5.40.810.810.7355665335231
3.8-4.30.680.680.6655655373192
3.2-3.80.440.440.4592268953273
3-3.20.20.190.222630255872

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.6Lデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 19.112 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.481
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REMARK 5 REMARK 5 WARNING REMARK 5 DATA QUALITY, DYNAMIC DISORDER AND HIGH ANISOTROPICITY REMARK 5 LIMIT THE QUALITY OF THE FINAL REFINED ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REMARK 5 REMARK 5 WARNING REMARK 5 DATA QUALITY, DYNAMIC DISORDER AND HIGH ANISOTROPICITY REMARK 5 LIMIT THE QUALITY OF THE FINAL REFINED MODEL REMARK 5 REMARK 5 PENTAMERIC ARRANGEMENT IN ASU MIGHT NOT RESEMBLE BIOLOGICAL UNIT REMARK 5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30149 1416 5.1 %RANDOM
Rwork0.25462 ---
obs0.25699 26547 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6778 0 0 0 6778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0226868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3941.9569427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.065930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.65626.075265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.33415976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.691522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.21197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1720.33344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.54888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.070.38
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.12744820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.67887499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.49252327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.068101928
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1153 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.645
2Bloose positional0.735
3Cloose positional0.845
4Dloose positional0.595
5Eloose positional0.95
1Aloose thermal5.3710
2Bloose thermal6.4110
3Cloose thermal4.2710
4Dloose thermal5.8510
5Eloose thermal5.4710
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 51 -
Rwork0.355 1036 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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