PDB-3b8b: Crystal structure of CysQ from Bacteroides thetaiotaomicron, a ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b8b

タイトル

Crystal structure of CysQ from Bacteroides thetaiotaomicron, a bacterial member of the inositol monophosphatase family

要素

CysQ, sulfite synthesis pathway protein

キーワード

HYDROLASE / 3'-Phosphoadenosine-5'-phosphosulfate (PAPS) 3'-phosphatase / CysQ / sulfite synthesis pathway / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfate assimilation / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of CysQ from Bacteroides thetaiotaomicron, a bacterial member of the inositol monophosphatase family.
著者: Cuff, M.E. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	6vp4-2 6isp-3 3mmu-3 2ftn-d 4ad4-d 6a7b-1 7kl6-d 6dno-d 1krm-d 3htw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC81317

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リンク

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登録構造単位

A: CysQ, sulfite synthesis pathway protein

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.927, 93.927, 140.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-291- HOH

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

#1: タンパク質	CysQ, sulfite synthesis pathway protein 分子量: 32967.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: VPI-5482, DSM 2079, NCTC 10582, E50 / 遺伝子: cysQ, BT_0411 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8AAQ3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.26M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923, 0.97860

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97923	1
2	0.9786	1

Reflection

冗長度: 21 % / Av σ(I) over netI: 9.2 / 数: 864081 / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.72 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41147 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.19	50	99.3	1	0.058	5.549	19.3
3.33	4.19	100	1	0.064	4.399	20.1
2.91	3.33	100	1	0.081	3.781	20.8
2.64	2.91	99.8	1	0.086	2.435	21.3
2.45	2.64	99.8	1	0.092	1.965	21.4
2.31	2.45	99.7	1	0.099	1.547	21.5
2.19	2.31	99.6	1	0.111	1.231	21.6
2.1	2.19	99.6	1	0.121	0.98	21.6
2.02	2.1	99.6	1	0.139	0.812	21.5
1.95	2.02	99.3	1	0.168	0.669	21.4
1.89	1.95	99.4	1	0.214	0.544	21.4
1.83	1.89	99.3	1	0.275	0.466	21.2
1.78	1.83	99.1	1	0.354	0.424	21
1.74	1.78	99	1	0.429	0.398	20.8
1.7	1.74	99	1	0.57	0.378	20.3

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 41147 / Num. obs: 41147 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21 % / B_iso Wilson estimate: 23.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.717 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Num. unique all: 2663 / R_sym value: 0.378 / Χ²: 3.9 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.69 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.451 / FOM acentric: 0.479 / FOM centric: 0.265 / 反射: 41101 / Reflection acentric: 35688 / Reflection centric: 5413

Phasing MAD set

最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 50 Å / Reflection centric: 5413

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric
1	2.2	1	0.2	0.2	0	0	35688
2	0.93	0.84	6.3	8.9	0.56	0.54	35687

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.93-50	1.51	1	0.8	0.4	0	0	86	110
1	6.14-10.93	1.7	1	0.8	0.4	0	0	525	282
1	4.27-6.14	1.53	1	0.7	0.4	0	0	1375	443
1	3.27-4.27	1.33	1	0.5	0.3	0	0	2653	620
1	2.65-3.27	2.01	1	0.4	0.2	0	0	4326	783
1	2.23-2.65	2.6	1	0.3	0.1	0	0	6397	936
1	1.92-2.23	3.35	1	0.1	0	0	0	8911	1074
1	1.69-1.92	9.14	1	0.1	0	0	0	11415	1165
2	10.93-50	0.59	0.44	7.6	8.3	2.23	1.75	86	110
2	6.14-10.93	0.64	0.56	6.9	9	1.9	1.48	525	282
2	4.27-6.14	0.75	0.71	8	10.6	1.37	0.98	1375	443
2	3.27-4.27	0.91	0.84	9.7	13.3	0.82	0.59	2653	620
2	2.65-3.27	0.91	0.86	7.3	9.9	0.75	0.55	4326	783
2	2.23-2.65	0.92	0.9	5.8	7.6	0.61	0.46	6397	936
2	1.92-2.23	0.98	0.98	5.6	7.6	0.4	0.28	8911	1074
2	1.69-1.92	1	1	5.6	7.4	0.23	0.17	11414	1165

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	25.11107	0.508	0.227	-0.001	0
2	Se	24.36447	0.448	0.061	-0.149	0
3	Se	38.00618	0.226	-0.046	-0.25	0
4	Se	40.78844	0.506	0.114	-0.148	0
5	Se	29.28839	0.366	0.047	-0.095	0
6	Se	29.26484	0.527	0.208	-0.068	0
7	Se	27.20475	0.386	0.086	-0.101	0
8	Se	48.27295	0.07	-0.109	-0.286	0
9	Se	24.82116	0.508	0.227	-0.001	0.082
10	Se	25.67648	0.448	0.061	-0.149	0.062
11	Se	41.21453	0.226	-0.046	-0.25	0.071
12	Se	51.60811	0.505	0.113	-0.148	0.061
13	Se	28.57502	0.366	0.047	-0.095	0.037
14	Se	33.37499	0.529	0.211	-0.067	0.071
15	Se	26.57562	0.386	0.086	-0.101	0.002
16	Se	49.13473	0.069	-0.109	-0.287	0.043

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.93-50	0.774	0.89	0.684	196	86	110
6.14-10.93	0.788	0.873	0.631	807	525	282
4.27-6.14	0.731	0.804	0.505	1818	1375	443
3.27-4.27	0.642	0.702	0.389	3273	2653	620
2.65-3.27	0.643	0.696	0.35	5109	4326	783
2.23-2.65	0.584	0.631	0.264	7333	6397	936
1.92-2.23	0.424	0.459	0.136	9985	8911	1074
1.69-1.92	0.199	0.216	0.041	12580	11415	1165

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 41101

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.71-100	44.9	0.82	517
5.9-7.71	37.8	0.894	600
4.96-5.9	35.7	0.914	724
4.36-4.96	36.4	0.919	814
3.94-4.36	41.4	0.936	906
3.62-3.94	44.5	0.919	981
3.36-3.62	42.9	0.916	1065
3.16-3.36	44.6	0.909	1127
2.99-3.16	45.1	0.911	1197
2.84-2.99	44.1	0.906	1249
2.71-2.84	42.5	0.913	1300
2.6-2.71	42.9	0.92	1358
2.5-2.6	41.9	0.919	1403
2.41-2.5	43.7	0.923	1462
2.33-2.41	44.9	0.924	1514
2.26-2.33	43.2	0.922	1548
2.2-2.26	46.1	0.919	1593
2.13-2.2	46.9	0.921	1634
2.08-2.13	49.5	0.912	1702
2.03-2.08	51.7	0.923	1726
1.98-2.03	53.8	0.917	1769
1.94-1.98	54.9	0.907	1791
1.89-1.94	58.3	0.903	1827
1.85-1.89	59	0.907	1876
1.82-1.85	63.1	0.904	1900
1.78-1.82	64.9	0.895	1954
1.75-1.78	68.1	0.891	1967
1.72-1.75	71.7	0.873	2050
1.69-1.72	76.3	0.815	1547

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→40.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.907 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	2061	5.1 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
all	0.167	40803	-	-
obs	0.167	40803	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.597 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	-0.21 Å²	0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2114	0	31	282	2427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.979	3287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.903	3	4046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.361	5.062	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.448	24.737	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.424	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.351	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.288	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.363	1.5	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.232	1.5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.597	2	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.761	3	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.61	4.5	895

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	160	-
R_work	0.211	2777	-
all	-	2937	-
obs	-	-	99.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.5843 Å / Origin y: 33.6228 Å / Origin z: 10.4721 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0674 Å²	-0.0039 Å²	0.0218 Å²	-	-0.0777 Å²	-0.0042 Å²	-	-	-0.0493 Å²
L	1.2299 °²	-0.437 °²	-0.5301 °²	-	1.0006 °²	0.1521 °²	-	-	1.0561 °²
S	-0.0196 Å °	-0.0044 Å °	-0.1389 Å °	-0.019 Å °	-0.017 Å °	0.0036 Å °	-0.0079 Å °	0.0479 Å °	0.0366 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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