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万見
- PDB-3b83: Computer-Based Redesign of a beta Sandwich Protein Suggests that ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b83
タイトルComputer-Based Redesign of a beta Sandwich Protein Suggests that Extensive Negative Design Is Not Required for De Novo beta Sheet Design.
要素TEN-D3
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta sheet / computational redesigned protein / Cell adhesion / EGF-like domain / Extracellular matrix / Glycoprotein / Phosphorylation / Secreted
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, X. / Ke, H. / Kuhlman, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Computer-Based Redesign of a beta Sandwich Protein Suggests that Extensive Negative Design Is Not Required for De Novo beta Sheet Design.
著者: Hu, X. / Wang, H. / Ke, H. / Kuhlman, B.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月5日Group: Structure summary
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TEN-D3
B: TEN-D3
C: TEN-D3
D: TEN-D3
E: TEN-D3
F: TEN-D3
G: TEN-D3
H: TEN-D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1328
ポリマ－89,1328
非ポリマー00
水84747
1
A: TEN-D3
C: TEN-D3
E: TEN-D3
F: TEN-D3

A: TEN-D3
C: TEN-D3
E: TEN-D3
F: TEN-D3

A: TEN-D3
C: TEN-D3
E: TEN-D3
F: TEN-D3

A: TEN-D3
C: TEN-D3
E: TEN-D3
F: TEN-D3

B: TEN-D3
D: TEN-D3
G: TEN-D3
H: TEN-D3

B: TEN-D3
D: TEN-D3
G: TEN-D3
H: TEN-D3

B: TEN-D3
D: TEN-D3
G: TEN-D3
H: TEN-D3

B: TEN-D3
D: TEN-D3
G: TEN-D3
H: TEN-D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,52732
ポリマ－356,52732
非ポリマー00
水57632
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation5_454-x-1/2,y+1/2,-z-11
crystal symmetry operation6_444x-1/2,-y-1/2,-z-11
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation8_454-y-1,-x,-z-11
Buried area47440 Å2
ΔGint-294 kcal/mol
Surface area138660 Å2
手法PISA
2
A: TEN-D3
E: TEN-D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2832
ポリマ－22,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
3
B: TEN-D3
G: TEN-D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2832
ポリマ－22,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
4
C: TEN-D3
F: TEN-D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2832
ポリマ－22,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
5
D: TEN-D3
H: TEN-D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2832
ポリマ－22,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.329, 126.329, 134.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質
TEN-D3


分子量: 11141.483 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Computationally redesigned variant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium dihydrogen phosphate, 0.1 M potassium dihydrogen phosphate, 0.1M MES pH 6.5, 2.2M NaCl,100 mM Urea, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 43149 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 7253 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ten

1ten


解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 4145 random
Rwork0.24 --
obs0.2447 41217 -
原子変位パラメータBiso mean: 50.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5901 0 0 47 5948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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