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万見
- PDB-3b6y: Crystal Structure of the Second HIN-200 Domain of Interferon-Indu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6y
タイトルCrystal Structure of the Second HIN-200 Domain of Interferon-Inducible Protein 16
要素Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
キーワードPROTEIN BINDING / Transcription factor / OB-fold / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / DNA-binding / Interferon induction / Nucleus / Phosphorylation / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / myeloid cell differentiation / STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of DNA binding / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / monocyte differentiation ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / myeloid cell differentiation / STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of DNA binding / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / monocyte differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / cellular response to glucose starvation / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / cellular response to ionizing radiation / autophagy / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / regulation of autophagy / nuclear speck / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-interferon-inducible protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Liao, J.C.C. / Lam, R. / Ravichandran, M. / Duan, S. / Tempel, W. / Chirgadze, N.Y. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of the Second HIN Domain of IFI16.
著者: Liao, J.C.C. / Lam, R. / Ravichandran, M. / Duan, S. / Tempel, W. / Chirgadze, N.Y. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
B: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4944
ポリマ－45,3022
非ポリマー1922
水30617
1
A: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7472
ポリマ－22,6511
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7472
ポリマ－22,6511
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.999, 92.887, 100.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16 / Interferon-inducible myeloid differentiation transcriptional activator / IFI 16


分子量: 22651.082 Da / 分子数: 2 / 断片: Second (C-terminal) HIN-200 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFI16, IFNGIP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Condon-Plus / 参照: UniProt: Q16666
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 17421 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.437.30.37917010.8041100
2.43-2.537.30.28317170.8451100
2.53-2.657.40.22417060.9051100
2.65-2.797.30.1717020.9751100
2.79-2.967.30.11517081.0971100
2.96-3.197.30.08417261.1331100
3.19-3.517.30.06417501.0341100
3.51-4.027.20.05717461.1291100
4.02-5.067.10.04917781.1051100
5.06-506.60.04818871.008199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OQ0

2oq0


解像度: 2.35→42.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 21.308 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 877 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 ---
obs0.229 17368 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.67 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 10 17 2965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4661.9614035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8435365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09224.737133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.91415567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9881514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21948
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3430.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7781.51907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25622990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86931224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8994.51045
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 60 -
Rwork0.27 1179 -
all-1239 -
obs--98.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.9741-0.4762-0.52610.8577-0.45561.92030.0226-0.28170.84070.17260.0068-0.031-0.0323-0.0681-0.0294-0.04840.02430.0133-0.0785-0.0413-0.1064-1.69849.46335.864
29.3876-8.63-2.01558.41432.00440.48050.0409-0.2673-0.22520.14020.0249-0.04970.1787-0.2599-0.06580.0361-0.03860.0367-0.07710.0477-0.0934-8.87934.03434.868
33.15882.63210.63426.25250.640.79850.0024-0.1961-0.54850.0066-0.0491-0.48570.03170.01840.0467-0.05880.02760.1032-0.11990.02240.004510.59828.98236.369
47.8834-0.2289-1.1762.2195-0.58872.3067-0.0438-0.250.31050.0946-0.013-0.02730.02570.04340.0568-0.07330.0040.03190.0028-0.0051-0.193810.18995.30137.264
513.5477-8.5443-3.97888.71931.89061.2835-0.3925-0.5812-0.99770.19020.28320.32380.1827-0.21520.1093-0.1046-0.05360.1135-0.07720.14260.01182.33980.41235.849
65.5337-0.14321.25793.69280.52961.29550.0037-0.2167-0.84650.11670.0956-0.05730.14260.0224-0.0993-0.03190.03530.1805-0.12260.11120.055622.39674.70236.633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 8410 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2AA85 - 11489 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3AA115 - 191119 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4BB7 - 8411 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5BB85 - 11489 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6BB115 - 191119 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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