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万見
- PDB-3b5g: Crystal Structure of the Unstable and Highly Fibrillogenic PRO7SE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5g
タイトルCrystal Structure of the Unstable and Highly Fibrillogenic PRO7SER Mutant of the Recombinant Variable Domain 6AJL2
要素AMYLOID LAMBDA 6 LIGHT CHAIN VARIABLE REGION PIP
キーワードIMMUNE SYSTEM / Lambda VI subgroup / light chain variable domain / beta-sandwich / immunoglobulin / AL amyloidosis
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hernandez-Santoyo, A. / Rodriguez-Romero, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A single mutation at the sheet switch region results in conformational changes favoring lambda6 light-chain fibrillogenesis.
著者: Hernandez-Santoyo, A. / del Pozo Yauner, L. / Fuentes-Silva, D. / Ortiz, E. / Rudino-Pinera, E. / Sanchez-Lopez, R. / Horjales, E. / Becerril, B. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2007年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMYLOID LAMBDA 6 LIGHT CHAIN VARIABLE REGION PIP
B: AMYLOID LAMBDA 6 LIGHT CHAIN VARIABLE REGION PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,68912
ポリマ－23,9042
非ポリマー78610
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.770, 68.590, 83.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 AMYLOID LAMBDA 6 LIGHT CHAIN VARIABLE REGION PIP


分子量: 11951.873 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-111 / 変異: P7S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Lambda VI light chain subgroup / 遺伝子: VL gene segment 6a and JL2/3 gene segment / プラスミド: pSyn1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUES ARE NUMBERED CONSECUTIVELY IN THE POLYPEPTIDE CHAIN AND DO NOT FOLLOW THE KABAT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drops consisted of 5 microL of protein solution (7 mg/mL) plus 5 microL of Solution 7 from Crystal Screen I (Hampton Research), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→53 Å / Num. all: 19189 / Num. obs: 19208 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 1228 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CD0

2cd0


解像度: 1.9→32.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.648 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1957 10.2 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.168 17185 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.235 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 51 161 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.064
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 142 -
Rwork0.197 1228 -
obs--98.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77250.094-0.62182.3196-0.54160.8008-0.0039-0.10060.0093-0.1148-0.0093-0.1030.09370.03260.0132-0.0170.00740.0032-0.0345-0.0081-0.069431.607523.664856.1857
20.78310.1709-0.43091.1699-0.12190.79050.03110.01970.0205-0.05290.0330.0213-0.0194-0.028-0.0641-0.02350.00270.0102-0.01470.0083-0.029816.205839.57250.9578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1111 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1111 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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