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- PDB-3b4w: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis aldehyde dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b4w
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis aldehyde dehydrogenase complexed with NAD+
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rv0223c-NAD complex / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / AMP binding / FAD binding / ADP binding / NAD binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moon, J.H. / Lyon, A.E. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T. / Kim, C.-Y. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of aldehyde dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis complexed with NAD+.
著者: Moon, J.H. / Lyon, A.E. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T. / Kim, C.-Y.
履歴
登録2007年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,53211
ポリマ－52,1701
非ポリマー1,36210
水7,945441
1
A: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,06422
ポリマ－104,3402
非ポリマー2,72420
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.111, 135.111, 72.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1178-

HOH

詳細Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase


分子量: 52170.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0223c, MT0233 / プラスミド: Modified pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96405, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 451分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 0.8 M Ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795, 0.9800, 0.9600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.981
30.961
反射解像度: 1.8→39.896 Å / Num. all: 63594 / Num. obs: 62513 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 6234 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.896 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1958 5471 4.9 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.1693 57064 --
obs0.1693 57064 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4518 Å20 Å20 Å2
2--0.4518 Å20 Å2
3----0.9035 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 87 441 4096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.283
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 144 -
Rwork0.2394 --
obs-3050 80.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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