PDB-3b3l: Crystal structures of alternatively-spliced isoforms of human ket...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b3l

タイトル

Crystal structures of alternatively-spliced isoforms of human ketohexokinase

要素

Ketohexokinase

キーワード

TRANSFERASE / Fructose kinase / Carbohydrate metabolism / Disease mutation / Phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Trinh, C.H. / Asipu, A. / Bonthron, D.T. / Phillips, S.E.V.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of alternatively-spliced isoforms of human ketohexokinase
著者: Trinh, C.H. / Asipu, A. / Bonthron, D.T. / Phillips, S.E.V.

履歴

登録	2007年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE The sequence is based on the isoform c in the database, KHK_HUMAN.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b3l.cif.gz	224.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b3l.ent.gz	183.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b3l_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b3l_full_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示
XML形式データ	3b3l_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	3b3l_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/3b3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/3b3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hqqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qa2-d 6w0x-d 5wbz-d 3nbw-d 6w0w-d 3nca-d 6w0n-d 6w0z-d 5wbp-d 3nbv-d 3q92-d 5wbr-d 6p2d-1 5wbq-d 5wbo-d 6ul7-1 3nc9-d 5c3y-5 1tz3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ketohexokinase

B: Ketohexokinase

C: Ketohexokinase

D: Ketohexokinase

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ketohexokinase

B: Ketohexokinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ketohexokinase

D: Ketohexokinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.555, 140.704, 179.262
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ketohexokinase / Hepatic fructokinase 分子量: 32561.982 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG 3000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 optimised for 1.488 angstrom プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→110.432 Å / Num. all: 49962 / Num. obs: 49962 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 97.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 7208 / R_sym value: 0.354 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HQQ

2hqq

解像度: 2.9→25.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 31.049 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.577 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28074	2608	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23622	-	-	-
all	0.23843	48714	-	-
obs	0.23843	48714	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→25.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8898	0	0	18	8916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	9067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.243	1.953	12293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.397	5	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.23	23.985	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.473	15	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.111	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	6142
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.756	6	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.656	9	9354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.081	6	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.965	9	2939

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	203	-
R_work	0.359	3546	-
obs	-	3546	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1211	-1.0778	-0.7188	2.5165	0.5227	1.7968	0.0846	0.1392	-0.2142	-0.0306	-0.2611	0.3414	-0.0845	-0.2173	0.1765	-0.1156	0.0321	0.0115	-0.1134	-0.0691	-0.1045	38.8968	33.5647	3.8643
2	2.3388	-0.0983	-0.1189	2.4377	0.1219	3.257	-0.0736	0.7411	-0.2169	-0.7021	-0.1549	0.2141	-0.4332	-0.4145	0.2286	0.1375	0.2247	-0.2097	0.3275	-0.3411	-0.0776	50.6264	23.0701	-37.5798
3	1.5006	0.2234	0.3583	2.2632	1.4646	4.0759	-0.1799	0.4301	-0.6257	-0.2419	-0.2652	0.2216	-0.1787	-0.5681	0.4452	-0.031	0.0595	0.0247	0.1081	-0.4469	0.1418	22.8574	79.3457	59.4277
4	1.6114	0.021	-0.2955	1.851	0.802	5.2856	0.2402	-0.2189	0.9464	-0.0781	0.0142	0.16	-0.9742	-0.407	-0.2543	0.1161	0.0303	0.121	0.0143	-0.2587	0.4829	17.7187	74.538	16.2375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 298	3 - 298
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 298	3 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 298	3 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 298	3 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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