Crystal structure of DNA-binding response regulator, LuxR family, from Staphylococcus aureus
要素
Uncharacterized protein Q99UF4
キーワード
TRANSCRIPTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Q99UF4 / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報
phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection
冗長度: 6.4 % / Av σ(I) over netI: 10.2 / 数: 101117 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.31 / D res high: 2.04 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15739 / % possible obs: 86.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
ID
Rmerge(I) obs
Chi squared
Redundancy
4.39
50
99.5
1
0.046
1.655
8.2
3.49
4.39
100
1
0.065
2.077
8.3
3.05
3.49
100
1
0.097
1.449
8.4
2.77
3.05
100
1
0.15
1.135
8.3
2.57
2.77
99.9
1
0.226
0.91
7.8
2.42
2.57
99.7
1
0.279
0.832
6.1
2.3
2.42
97.4
1
0.321
0.83
4.4
2.2
2.3
88.3
1
0.344
0.936
3
2.11
2.2
56.9
1
0.383
0.756
2.1
2.04
2.11
22.9
1
0.436
0.84
1.6
反射
解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 15739 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.311 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
2.04-2.11
1.6
0.436
416
0.84
1
22.9
2.11-2.2
2.1
0.383
1036
0.756
1
56.9
2.2-2.3
3
0.344
1598
0.936
1
88.3
2.3-2.42
4.4
0.321
1760
0.83
1
97.4
2.42-2.57
6.1
0.279
1824
0.832
1
99.7
2.57-2.77
7.8
0.226
1804
0.91
1
99.9
2.77-3.05
8.3
0.15
1822
1.135
1
100
3.05-3.49
8.4
0.097
1820
1.449
1
100
3.49-4.39
8.3
0.065
1829
2.077
1
100
4.39-50
8.2
0.046
1830
1.655
1
99.5
-
位相決定
位相決定
手法: 多波長異常分散
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
SHELX
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3
データ抽出
CBASS
データ収集
SHELXD
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.077 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The Friedel pairs were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.215
436
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.165
-
-
-
obs
0.168
9087
89.86 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 38.829 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.06 Å2
0.03 Å2
0 Å2
2-
-
0.06 Å2
0 Å2
3-
-
-
-0.09 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.04→20 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
955
0
1
57
1013
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.019
0.022
971
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.661
1.985
1314
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
6.49
5
121
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
40.77
26.444
45
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
17.342
15
193
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
19.578
15
4
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.114
0.2
161
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.006
0.02
701
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.212
0.2
468
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.31
0.2
691
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.113
0.2
51
X-RAY DIFFRACTION
r_metal_ion_refined
0.153
0.2
2
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.258
0.2
34
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.386
0.2
11
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.555
1.5
600
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
5.504
20
981
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
11.587
20
374
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
6.446
4.5
332
LS精密化 シェル
解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.215
8
-
Rwork
0.216
207
-
all
-
215
-
obs
-
-
29.99 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -4.5335 Å / Origin y: -26.7844 Å / Origin z: 4.5925 Å