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- PDB-3b2g: Leptolyngbya boryana Ferredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b2g
タイトルLeptolyngbya boryana Ferredoxin
要素Ferredoxin-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / electron transfer / FNR / NiR / SiR / Fd-GOGAT
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Leptolyngbya boryana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Kurisu, G. / Hase, T.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2012
タイトル: A new structural insight into differential interaction of cyanobacterial and plant ferredoxins with nitrite reductase as revealed by NMR and X-ray crystallographic studies
著者: Sakakibara, Y. / Kimura, H. / Iwamura, A. / Saitoh, T. / Ikegami, T. / Kurisu, G. / Hase, T.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-1
B: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5934
ポリマ－21,2412
非ポリマー3522
水4,017223
1
A: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7962
ポリマ－10,6211
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7962
ポリマ－10,6211
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.141, 34.158, 48.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-124-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: FES / End label comp-ID: FES / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 99 / Label seq-ID: 1

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - D

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-1 / Ferredoxin I / FdI


分子量: 10620.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptolyngbya boryana (バクテリア)
遺伝子: petF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51577
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 2.2M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium citrate, , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月18日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 17174 / Num. obs: 16985 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→27.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 4.714 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24757 540 3.2 %RANDOM
Rwork0.18329 ---
all0.18515 16985 --
obs0.18515 16442 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.651 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→27.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 0 8 223 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.9742066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5095194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.80327.22272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83415234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.208152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2520.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4640.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5661.5999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98521582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8443572
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0154.5480
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
392medium positional0.230.5
354loose positional0.955
392medium thermal0.712
354loose thermal1.4510
LS精密化 シェル解像度: 1.757→1.802 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 47 -
Rwork0.175 1153 -
obs--93.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7260.0020.0950.68810.25660.91660.0120.0246-0.01810.01520.0237-0.04160.00470.0753-0.0357-0.01870.00470.0016-0.02310.0016-0.018433.612-0.06818.568
20.84530.00710.13570.69140.23331.1497-0.03110.03890.03570.00630.02470.0154-0.0426-0.01310.0064-0.013-0.00350.0018-0.03180.0046-0.029312.9222.4855.256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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