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万見
- PDB-3b2c: Crystal structure of the collagen triple helix model [{PRO-HYP(R)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b2c
タイトルCrystal structure of the collagen triple helix model [{PRO-HYP(R)-GLY}4-{HYP(S)-Pro-GLY}2-{PRO-HYP(R)-GLY}4]3
要素Collagen-like peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / COLLAGEN STABILITY / PUCKERING / AMINO ACID-PREFERENCES / TRIPLE HELIX
機能・相同性Saimiri transformation-associated protein / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / extracellular matrix organization / extracellular space / membrane / Saimiri transformation-associated protein
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Motooka, D. / Kawahara, K. / Nakamura, S. / Doi, M. / Nishi, Y. / Nishiuchi, Y. / Nakazawa, T. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. ...Motooka, D. / Kawahara, K. / Nakamura, S. / Doi, M. / Nishi, Y. / Nishiuchi, Y. / Nakazawa, T. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. / Kang, Y.K. / Uchiyama, S.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2011
タイトル: The triple helical structure and stability of collagen model peptide with 4(S)-hydroxyprolyl-pro-gly units
著者: Motooka, D. / Kawahara, K. / Nakamura, S. / Doi, M. / Nishi, Y. / Nishiuchi, Y. / Kee Kang, Y. / Nakazawa, T. / Uchiyama, S. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen-like peptide
B: Collagen-like peptide
C: Collagen-like peptide
D: Collagen-like peptide
E: Collagen-like peptide
F: Collagen-like peptide
G: Collagen-like peptide
H: Collagen-like peptide
I: Collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2179
ポリマ－24,2179
非ポリマー00
水11,187621
1
A: Collagen-like peptide
B: Collagen-like peptide
C: Collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0723
ポリマ－8,0723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area4990 Å2
手法PISA
2
D: Collagen-like peptide
E: Collagen-like peptide
F: Collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0723
ポリマ－8,0723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area5050 Å2
手法PISA
3
G: Collagen-like peptide
H: Collagen-like peptide
I: Collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0723
ポリマ－8,0723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area4960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.797, 26.152, 84.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Collagen-like peptide


分子量: 2690.828 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM Bicine buffer, 20% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 550, 100mM sodium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 42284 / % possible obs: 98.9 %
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24792 1942 5 %RANDOM
Rwork0.20282 ---
obs0.20507 36532 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.05 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 0 621 2331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02113167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7562.49819278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.19851827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.03212096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1131.510017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.666216758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2733150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2334.52520
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.115313167
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 153 -
Rwork0.302 2525 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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