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- PDB-3b1s: Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhB from Aquifex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1s
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic domain of FlhB from Aquifex aeolicus
要素(Flagellar biosynthetic protein flhB) x 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / flagella / type III secretion system / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar biosynthetic protein FlhB / secretion proteins EscU / name from scop / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FlhB
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Meshcheryakov, V.A. / Samatey, F.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Inhibition of a type III secretion system by the deletion of a short loop in one of its membrane proteins
著者: Meshcheryakov, V.A. / Kitao, A. / Matsunami, H. / Samatey, F.A.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthetic protein flhB
C: Flagellar biosynthetic protein flhB
E: Flagellar biosynthetic protein flhB
B: Flagellar biosynthetic protein flhB
D: Flagellar biosynthetic protein flhB
F: Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4996
ポリマ－47,4996
非ポリマー00
水86548
1
A: Flagellar biosynthetic protein flhB
B: Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8332
ポリマ－15,8332
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8200 Å2
手法PISA
2
C: Flagellar biosynthetic protein flhB
D: Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8332
ポリマ－15,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
3
E: Flagellar biosynthetic protein flhB
F: Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8332
ポリマ－15,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.600, 33.750, 122.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量: 6174.462 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain, residues 213-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: auto-cleaved between residues 263 and 264 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: flhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67813
#2: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量: 9658.538 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain, residues 264-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: auto-cleaved between residues 263 and 264 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: flhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67813
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3748.15
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M sodium thiocyanate, 20% PEG 3350, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.9791, 0.97936, 0.99508, 0.96413
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX225HE1CCD2011年2月16日
RAYONIX MX225HE2CCD2011年2月16日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97911
30.979361
40.995081
50.964131
反射解像度: 2.55→47.76 Å / Num. all: 14910 / Num. obs: 14910
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.552 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26195 757 5.1 %RANDOM
Rwork0.24122 ---
obs0.24228 14135 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.11 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 0 48 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0232752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.9973700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5445340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.423.10387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.73515553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7141518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0491.51745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95722844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48131007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5024.5856
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 50 -
Rwork0.361 1040 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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