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万見
- PDB-3b1l: Crystal Structure of parkin ubiquitin-like domain R33Q mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1l
タイトルCrystal Structure of parkin ubiquitin-like domain R33Q mutant
要素E3 ubiquitin-protein ligase parkin
キーワードLIGASE / Parkin / Ubiquitin / proteasome / Alfa-Beta-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation protein catabolic process at presynapse / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of necroptotic cell death / negative regulation of exosomal secretion ...positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation protein catabolic process at presynapse / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of necroptotic cell death / negative regulation of exosomal secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / cellular response to hydrogen sulfide / Aggrephagy / type 2 mitophagy / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of mitochondrial fusion / free ubiquitin chain polymerization / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of protein linear polyubiquitination / RBR-type E3 ubiquitin transferase / F-box domain binding / negative regulation by host of viral genome replication / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / mitochondrion localization / positive regulation of mitophagy / regulation of cellular response to oxidative stress / protein metabolic process / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of dopamine metabolic process / dopaminergic synapse / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to toxic substance / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to L-glutamate / protein K6-linked ubiquitination / norepinephrine metabolic process / protein localization to mitochondrion / positive regulation of protein localization to membrane / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial fission / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme binding / aggresome assembly / regulation of mitochondrion organization / aggresome / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of synaptic vesicle endocytosis / autophagy of mitochondrion / intracellular vesicle / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-specific protease binding / startle response / dopamine metabolic process / protein monoubiquitination / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cullin family protein binding / phospholipase binding / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein K63-linked ubiquitination / mitophagy / negative regulation of mitochondrial fission / protein autoubiquitination / negative regulation of insulin secretion / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ubiquitin ligase complex / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to endoplasmic reticulum stress / Hsp70 protein binding / tubulin binding / negative regulation of protein phosphorylation / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / learning / ubiquitin binding / regulation of autophagy / synaptic transmission, glutamatergic / mitochondrion organization / locomotory behavior / G protein-coupled receptor binding / PDZ domain binding / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein catabolic process / kinase binding / terminal bouton / beta-catenin binding / histone deacetylase binding / synaptic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / E3 ubiquitin ligase RBR family ...E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tomoo, K. / Ikemiya, A. / Amami, Y. / In, Y. / Ishida, T.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of parkin ubiquitin-like domain R33Q mutant
著者: Tomoo, K. / Ikemiya, A. / Amami, Y. / In, Y. / Ishida, T.
履歴
登録2011年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7011
ポリマ－8,7011
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.790, 45.790, 65.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量: 8700.982 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubiquitin-like domain / 変異: R33Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WVS6, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 3M NaCl, 100mM acetate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.99 Å / Num. all: 6738 / Num. obs: 6718 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.42 % / Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→25.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.979 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 320 4.8 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.1908 6708 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.43 Å2 / Biso mean: 17.9307 Å2 / Biso min: 7.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数612 0 0 33 645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.022622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0591.957842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.559575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23624.06332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97415112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.413156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2041.5381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1762625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0343241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8964.5217
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 27 -
Rwork0.25 464 -
all-491 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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