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万見
- PDB-2kt6: Structural homology between the C-terminal domain of the PapC ush... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kt6
タイトルStructural homology between the C-terminal domain of the PapC usher and its plug
要素Outer membrane usher protein papC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Pilus / chaperone-usher / Gram-negative / Cell membrane / Cell outer membrane / Disulfide bond / Fimbrium biogenesis / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


fimbrial usher porin activity / pilus assembly / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PapC, C-terminal domain / Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain ...PapC, C-terminal domain / Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. / PapC-like, C-terminal domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane usher protein PapC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ford, B. / Rego, A. / Ragan, T.J. / Pinkner, J. / Dodson, K. / Driscoll, P.C. / Hultgren, S. / Waksman, G.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Structural Homology between the C-Terminal Domain of the PapC Usher and Its Plug.
著者: Ford, B. / Rego, A.T. / Ragan, T.J. / Pinkner, J. / Dodson, K. / Driscoll, P.C. / Hultgren, S. / Waksman, G.
履歴
登録2010年1月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane usher protein papC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0711
ポリマ－9,0711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100Lowest Energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane usher protein papC


分子量: 9071.371 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 752-836 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07110
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCA
1323D HN(CO)CA
1423D HNCO
152HN(Ca)Co
162CbCa(Co)NH
1723D HN(CA)CB
1813D 1H-15N TOCSY short
1913D 1H-15N TOCSY long
11023D (H)CCH-TOCSY
1122TSNoesy N
11323D 1H-13C NOESY
11423D HN(CO)CA
1152CBCA(CO)NH
11612D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM MES, 20 mM sodium chloride, 300-500 mM [U-15N] CTD_Actual, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
220 mM MES, 20 mM sodium chloride, 300-500 mM [U-15N, U-13C] CTD_Actual, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
20 mMMES-11
20 mMsodium chloride-21
mMCTD_Actual-3[U-15N]300-5001
20 mMMES-42
20 mMsodium chloride-52
mMCTD_Actual-6[U-15N]300-5002
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Varian UnityVarianUNITY6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.1CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.1CCPNpeak picking
DANGLE1.11データ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest Energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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