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万見
- PDB-3b1f: Crystal structure of prephenate dehydrogenase from Streptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1f
タイトルCrystal structure of prephenate dehydrogenase from Streptococcus mutans
要素Putative prephenate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme / prephenate / 4-hydroxyphenylpyruvate / oxidative decarboxylation pathway / tyrosine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydrogenase / prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / tyrosine biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal fold / 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal like domain / Prephenate dehydrogenase / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / Prephenate/arogenate dehydrogenase domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal fold / 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal like domain / Prephenate dehydrogenase / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / Prephenate/arogenate dehydrogenase domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative prephenate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ku, H.K. / Do, N.H. / Song, J.S. / Choi, S. / Shin, M.H. / Kim, K.J. / Lee, S.J.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of prephenate dehydrogenase from Streptococcus mutans.
著者: Ku, H.K. / Do, N.H. / Song, J.S. / Choi, S. / Yeon, S.H. / Shin, M.H. / Kim, K.J. / Park, S.R. / Park, I.Y. / Kim, S.K. / Lee, S.J.
履歴
登録2011年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative prephenate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2612
ポリマ－32,5981
非ポリマー6631
水1,964109
1
A: Putative prephenate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Putative prephenate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5234
ポリマ－65,1962
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area8500 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.340, 145.624, 77.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative prephenate dehydrogenase


分子量: 32598.061 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: SMU_781 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DUW0, prephenate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→52.7 Å / Num. obs: 24626

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.988 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23401 1314 5.1 %RANDOM
Rwork0.19324 ---
obs0.19531 24626 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 44 109 2391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0121.9763152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6315284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88624.135104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.23715396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7221514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5341.51422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45622285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2093902
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9144.5867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.65232324
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.0543111
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.15832278
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 71 -
Rwork0.251 1553 -
obs--83.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.3647 Å / Origin y: 19.6273 Å / Origin z: 36.7441 Å
111213212223313233
T0.1021 Å2-0.0197 Å2-0.0112 Å2-0.1667 Å20.0127 Å2--0.1259 Å2
L1.2824 °2-1.0738 °2-0.1674 °2-3.5211 °20.0255 °2--0.2905 °2
S0.0423 Å °0.0858 Å °0.2268 Å °-0.1568 Å °-0.0124 Å °0.279 Å °-0.0248 Å °-0.1093 Å °-0.0299 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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