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- PDB-3b0y: K263D mutant of PolX from Thermus thermophilus HB8 complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b0y
タイトルK263D mutant of PolX from Thermus thermophilus HB8 complexed with Ca-dGTP
要素DNA polymerase beta family (X family)
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / POLXc / PHP / DNA polymerase / dRP lyase / 3'-5' exonuclease / AP endonuclease / DNA repair / nucleotide / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric ester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase/3'-5' exonuclease PolX-like / : / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain ...DNA polymerase/3'-5' exonuclease PolX-like / : / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / Metal-dependent hydrolases / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Nakane, S. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The structural basis of the kinetic mechanism of a gap-filling X-family DNA polymerase that binds Mg(2+)-dNTP before binding to DNA.
著者: Nakane, S. / Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
履歴
登録2011年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Structure summary
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta family (X family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9598
ポリマ－64,1901
非ポリマー7687
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.942, 53.224, 84.864
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase beta family (X family)


分子量: 64190.387 Da / 分子数: 1 / 変異: K263D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: PolX, TTHA1150 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2/pLysS / 参照: UniProt: Q5SJ64, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 5種, 528分子

#2: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M potassium chloride, 0.01M calcium chloride, 0.005M sodium cacodylate (pH 6.0), 10% polyethylene glycol 4000 (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
回折測定詳細: 0.50 degrees, 4.7 sec, detector distance 120.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.04 / 数: 387360
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 103603 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.081 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 387360

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.66 Å17.3 Å
Translation1.66 Å17.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AU2

3au2


解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.938 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 5167 5 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.1761 103475 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.54 Å2 / Biso mean: 21.4292 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.06 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4522 0 37 521 5080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.49626323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8385582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.03822.884215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47215821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2431551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2741.52868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97224588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89231797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3444.51731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.51234665
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.8223527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.29834570
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.4880.2193630.1677161762198.727
1.488-1.5280.23670.1537109748599.88
1.528-1.5730.1833670.1366866724699.821
1.573-1.6210.1733690.1326625700599.843
1.621-1.6740.183410.1296503685999.781
1.674-1.7330.1663510.136219658099.848
1.733-1.7980.192960.1366081638999.812
1.798-1.8720.1853130.1415809612799.918
1.872-1.9550.1813120.1515606592799.848
1.955-2.050.2022730.1615364564199.929
2.05-2.1610.1792740.165068535499.776
2.161-2.2910.192710.1634824510199.882
2.291-2.4490.2122370.1784521476299.916
2.449-2.6450.2332100.1944290450999.8
2.645-2.8970.2081890.2073886407999.902
2.897-3.2370.2621740.2043540372499.731
3.237-3.7350.2051420.1963147329999.697
3.735-4.5680.2131480.1842657281799.574
4.568-6.4340.1981120.2162058218499.359
6.434-500.273580.222974127780.814

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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