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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b0s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of (Gly-Pro-Hyp)9 | ||||||
要素 | collagen-like peptide | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / collagen / triple helix | ||||||
機能・相同性 | Saimiri transformation-associated protein / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / extracellular matrix organization / extracellular space / membrane / Saimiri transformation-associated protein 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Okuyama, K. / Miyama, K. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biopolymers / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of (Gly-Pro-Hyp)(9) : Implications for the collagen molecular model. 著者: Okuyama, K. / Miyama, K. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3b0s.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3b0s.ent.gz | 38.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3b0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3b0s_validation.pdf.gz | 469.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3b0s_full_validation.pdf.gz | 472.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3b0s_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3b0s_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2drtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2423.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide appears most frequently in native collagen. 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHOR STATES THE E-CHAIN CONSISTS OF TWO CHAINS WITH HALF OCCUPANCIES. THESE TWO CHAINS ARE ...AUTHOR STATES THE E-CHAIN CONSISTS OF TWO CHAINS WITH HALF OCCUPANCIE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.34 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 22% PEG 200, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 20281 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 964 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DRT 解像度: 1.45→8 Å / Num. parameters: 5605 / Num. restraintsaints: 4729 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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