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万見
- PDB-3azb: Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3azb
タイトルBeta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Plasmodium falciparum in complex with NAS91-11
要素Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
キーワードLYASE/INHIBITOR / hot dog fold / FabZ / beta-hydroxyacyl acyl carrier protein dehydratase / Lyase / acyl carrier protein / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-chloro-8-[(3-chlorobenzyl)oxy]quinoline / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the functional and inhibitory mechanisms of beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Plasmodium falciparum
著者: Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
履歴
登録2011年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,56041
ポリマ－408,93424
非ポリマー2,62617
水10,539585
1
A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,81410
ポリマ－102,2336
非ポリマー5804
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14990 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area31220 Å2
手法PISA
2
G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,42212
ポリマ－102,2336
非ポリマー1,1896
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14400 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
3
M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,81410
ポリマ－102,2336
非ポリマー5804
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area31400 Å2
手法PISA
4
S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5109
ポリマ－102,2336
非ポリマー2763
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14550 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area31540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.050, 217.050, 157.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12G
22H
32I
42J
52K
62L
13M
23N
33O
43P
53Q
63R
14S
24T
34U
44V
54W
64X

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 90 - 225 / Label seq-ID: 14 - 149

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
31CC
41DD
51EE
61FF
12GG
22HH
32II
42JJ
52KK
62LL
13MM
23NN
33OO
43PP
53QQ
63RR
14SS
24TT
34UU
44VV
54WW
64XX

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 ...
Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase / beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase / Fatty acid synthesis protein


分子量: 17038.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: fabz / プラスミド: PET-28a(+)(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q965D7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-KM1 / 5-chloro-8-[(3-chlorobenzyl)oxy]quinoline


分子量: 304.171 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11Cl2NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-25% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1-0.3M KH2PO4, 15-20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.525
11-H, K, -L20.475
反射解像度: 2.6→42.45 Å / Num. obs: 111703 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.15 Å2 / Rsym value: 0.191 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 16251 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z6B

1z6b


解像度: 2.6→41.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 12.998 / SU ML: 0.255 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26448 5363 5 %RANDOM
Rwork0.22594 ---
obs0.22784 102137 96.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.603 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.38 Å20 Å20 Å2
2--7.38 Å20 Å2
3----14.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26519 0 172 585 27276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02227206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.98536792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30253398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.8325.8411034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.127154900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.941548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.24288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02119747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4281.517066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.764227673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.828310140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3164.59119
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A990medium positional0.180.5
12B990medium positional0.180.5
13C990medium positional0.160.5
14D990medium positional0.190.5
15E990medium positional0.180.5
16F990medium positional0.180.5
21G980medium positional0.170.5
22H980medium positional0.180.5
23I980medium positional0.170.5
24J980medium positional0.190.5
25K980medium positional0.180.5
26L980medium positional0.20.5
31M946medium positional0.180.5
32N946medium positional0.210.5
33O946medium positional0.20.5
34P946medium positional0.170.5
35Q946medium positional0.180.5
36R946medium positional0.170.5
41S991medium positional0.190.5
42T991medium positional0.240.5
43U991medium positional0.20.5
44V991medium positional0.20.5
45W991medium positional0.190.5
46X991medium positional0.220.5
11A990medium thermal0.592
12B990medium thermal0.582
13C990medium thermal0.532
14D990medium thermal0.452
15E990medium thermal0.52
16F990medium thermal0.482
21G980medium thermal0.492
22H980medium thermal0.462
23I980medium thermal0.512
24J980medium thermal0.432
25K980medium thermal0.442
26L980medium thermal0.462
31M946medium thermal0.422
32N946medium thermal0.412
33O946medium thermal0.442
34P946medium thermal0.412
35Q946medium thermal0.432
36R946medium thermal0.482
41S991medium thermal0.482
42T991medium thermal0.422
43U991medium thermal0.442
44V991medium thermal0.492
45W991medium thermal0.392
46X991medium thermal0.422
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 362 -
Rwork0.203 7027 -
obs--89.6 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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