PDB-3azb: Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Pla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3azb

タイトル

Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Plasmodium falciparum in complex with NAS91-11

要素

Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

キーワード

LYASE/INHIBITOR / hot dog fold / FabZ / beta-hydroxyacyl acyl carrier protein dehydratase / Lyase / acyl carrier protein / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the functional and inhibitory mechanisms of beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Plasmodium falciparum
著者: Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.

履歴

登録	2011年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3azb.cif.gz	655.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3azb.ent.gz	541.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3azb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3azb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3azb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3az8C 3az9C 3azaC 1z6bS 1zhg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3az9-2 3aza-2 3az8-4 3aza-4 3az8-3 3aza-1 3az8-1 1yli-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

412 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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3

M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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4

S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	217.050, 217.050, 157.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 90 - 225 / Label seq-ID: 14 - 149

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	... Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase / beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase / Fatty acid synthesis protein 分子量: 17038.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: fabz / プラスミド: PET-28a(+)(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q965D7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-KM1 / 5-chloro-8-[(3-chlorobenzyl)oxy]quinoline 分子量: 304.171 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₁Cl₂NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20-25% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1-0.3M KH2PO4, 15-20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.525
1	1	-H, K, -L	2	0.475

反射

解像度: 2.6→42.45 Å / Num. obs: 111703 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 55.15 Å² / R_sym value: 0.191 / Net I/σ(I): 4.8

反射シェル

解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 16251 / R_sym value: 0.527 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z6B

1z6b

解像度: 2.6→41.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 12.998 / SU ML: 0.255 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26448	5363	5 %	RANDOM
R_work	0.22594	-	-	-
obs	0.22784	102137	96.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.603 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26519	0	172	585	27276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	27206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.985	36792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.302	5	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.83	25.841	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.127	15	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.94	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	19747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.428	1.5	17066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.764	2	27673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.828	3	10140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.316	4.5	9119

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	990	medium positional	0.18	0.5
1	2	B	990	medium positional	0.18	0.5
1	3	C	990	medium positional	0.16	0.5
1	4	D	990	medium positional	0.19	0.5
1	5	E	990	medium positional	0.18	0.5
1	6	F	990	medium positional	0.18	0.5
2	1	G	980	medium positional	0.17	0.5
2	2	H	980	medium positional	0.18	0.5
2	3	I	980	medium positional	0.17	0.5
2	4	J	980	medium positional	0.19	0.5
2	5	K	980	medium positional	0.18	0.5
2	6	L	980	medium positional	0.2	0.5
3	1	M	946	medium positional	0.18	0.5
3	2	N	946	medium positional	0.21	0.5
3	3	O	946	medium positional	0.2	0.5
3	4	P	946	medium positional	0.17	0.5
3	5	Q	946	medium positional	0.18	0.5
3	6	R	946	medium positional	0.17	0.5
4	1	S	991	medium positional	0.19	0.5
4	2	T	991	medium positional	0.24	0.5
4	3	U	991	medium positional	0.2	0.5
4	4	V	991	medium positional	0.2	0.5
4	5	W	991	medium positional	0.19	0.5
4	6	X	991	medium positional	0.22	0.5
1	1	A	990	medium thermal	0.59	2
1	2	B	990	medium thermal	0.58	2
1	3	C	990	medium thermal	0.53	2
1	4	D	990	medium thermal	0.45	2
1	5	E	990	medium thermal	0.5	2
1	6	F	990	medium thermal	0.48	2
2	1	G	980	medium thermal	0.49	2
2	2	H	980	medium thermal	0.46	2
2	3	I	980	medium thermal	0.51	2
2	4	J	980	medium thermal	0.43	2
2	5	K	980	medium thermal	0.44	2
2	6	L	980	medium thermal	0.46	2
3	1	M	946	medium thermal	0.42	2
3	2	N	946	medium thermal	0.41	2
3	3	O	946	medium thermal	0.44	2
3	4	P	946	medium thermal	0.41	2
3	5	Q	946	medium thermal	0.43	2
3	6	R	946	medium thermal	0.48	2
4	1	S	991	medium thermal	0.48	2
4	2	T	991	medium thermal	0.42	2
4	3	U	991	medium thermal	0.44	2
4	4	V	991	medium thermal	0.49	2
4	5	W	991	medium thermal	0.39	2
4	6	X	991	medium thermal	0.42	2

LS精密化シェル

解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	362	-
R_work	0.203	7027	-
obs	-	-	89.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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