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- PDB-3az8: Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3az8
タイトルBeta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Plasmodium falciparum in complex with NAS21
要素Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
キーワードLYASE/INHIBITOR / FabZ / Plasmodium falciparum / beta-hydroxyacyl acyl carrier protein dehydratase / hot dog fold / Lyase / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / 4,4,4-trifluoro-1-(4-nitrophenyl)butane-1,3-dione / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the functional and inhibitory mechanisms of beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Plasmodium falciparum
著者: Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
履歴
登録2011年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,95188
ポリマ－408,93424
非ポリマー6,01764
水7,476415
1
A: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
B: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
C: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
D: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
E: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
F: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,29525
ポリマ－102,2336
非ポリマー2,06119
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15080 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area31170 Å2
手法PISA
2
G: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
H: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
I: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
J: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
K: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
L: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,14719
ポリマ－102,2336
非ポリマー91313
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14900 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
3
M: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
N: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
O: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
P: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
Q: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
R: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,32726
ポリマ－102,2336
非ポリマー2,09420
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15120 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
4
S: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
T: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
U: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
V: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
W: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
X: Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,18218
ポリマ－102,2336
非ポリマー94912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14970 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.990, 218.990, 157.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

-
タンパク質 , 1種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質 ...
Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase / beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase / Fatty acid synthesis protein


分子量: 17038.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: fabZ / プラスミド: PET-28a(+)(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q965D7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

-
非ポリマー , 6種, 479分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-S21 / 4,4,4-trifluoro-1-(4-nitrophenyl)butane-1,3-dione


分子量: 261.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H6F3NO4
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-25% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1-0.3M KH2PO4, 15-20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.558
11-H, K, -L20.442
反射解像度: 3.1→51.98 Å / Num. obs: 66984 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 79.11 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 9656 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z6B

1z6b


解像度: 3.1→51.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 33.827 / SU ML: 0.559 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26611 3438 5.1 %RANDOM
Rwork0.20559 ---
obs0.20868 63518 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.02 Å20 Å20 Å2
2--8.02 Å20 Å2
3----16.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→51.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26639 0 375 415 27429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02227522
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.98837149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90453432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.32225.8311041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.867154922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2711548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.24317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02119882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4221.517180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.767227864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7310342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.234.59281
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.098→3.178 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 258 -
Rwork0.239 4491 -
obs--96.33 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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