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万見
- PDB-3ay5: Crystal structure of HHM (human homologue of murine maternal Id-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ay5
タイトルCrystal structure of HHM (human homologue of murine maternal Id-like molecule)
要素Cyclin-D1-binding protein 1
キーワードCELL CYCLE / dominant-negative helix-loop-helix transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear body / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-D1-binding protein 1 / : / : / Grap2 and cyclin-D-interacting, N-terminal / Grap2 and cyclin-D-interacting, C-terminal / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain / Talin, central domain / A middle domain of Talin 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-D1-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seto, A. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Structure of a dominant-negative helix-loop-helix transcriptional regulator suggests mechanisms of autoinhibition.
著者: Ishii, R. / Isogaya, K. / Seto, A. / Koinuma, D. / Watanabe, Y. / Arisaka, F. / Yaguchi, S. / Ikushima, H. / Dohmae, N. / Miyazono, K. / Miyazawa, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2011年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-D1-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2701
ポリマ－40,2701
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.031, 105.031, 124.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-D1-binding protein 1 / Grap2 and cyclin-D-interacting protein / Human homolog of Maid


分子量: 40269.703 Da / 分子数: 1 / 変異: C198S, C300S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNDBP1, DIP1, GCIP, HHM / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O95273
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.97 % / Mosaicity: 0.587 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM imidazole, 500mM (NH4)2HPO4, 100mM NaCl, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 25654 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.866 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.543.60.37112631.125191.6
2.54-2.593.70.3712231.144189.7
2.59-2.643.80.36112171.1190
2.64-2.694.20.32212721.229190.7
2.69-2.754.50.30512391.193189.3
2.75-2.824.60.26912061.3189.5
2.82-2.894.90.24912301.358189.6
2.89-2.965.20.20812431.468188.8
2.96-3.055.90.18812651.685191.4
3.05-3.156.40.14112471.759190.5
3.15-3.267.40.1212951.991193.3
3.26-3.398.10.10313762.116196.6
3.39-3.5590.08713302.437196.9
3.55-3.738.50.07613543.112197.3
3.73-3.978.50.05513212.747194.4
3.97-4.278.80.04213262.102193.6
4.27-4.790.03713261.948194.1
4.7-5.389.40.03313631.69195.9
5.38-6.789.90.02914201.448197.9
6.78-508.50.02311381.248174.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30.624 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7853 / SU ML: 0.39 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1271 4.96 %
Rwork0.222 --
obs0.2239 25638 91.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.487 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 205.72 Å2 / Biso mean: 99.6011 Å2 / Biso min: 53.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5837 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.5837 Å20 Å2
3----11.1675 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 0 52 2385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0293210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.797890
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.60020.36551400.35412630277091
2.6002-2.71840.34121280.33142600272890
2.7184-2.86160.37071340.30352629276390
2.8616-3.04080.31551350.27092605274090
3.0408-3.27530.32571420.25012709285192
3.2753-3.60450.28051490.2382849299897
3.6045-4.1250.23261530.19792782293595
4.125-5.19290.19051470.16692832297995
5.1929-30.62630.24761430.20062731287488
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4878-1.35792.51121.2981-1.1684.5731-0.159-0.86750.06010.40430.0709-0.0507-0.1147-0.3547-0.00140.4841-0.195-0.00771.0903-0.06440.6468-59.211840.910536.9135
24.31962.3081-0.5795.1214-0.28623.87050.03550.06940.06750.0733-0.03230.0967-0.5637-0.2347-0.00130.35310.0959-0.05831.0804-0.10810.5741-24.770349.960823.3383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 14:167A14 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 168:360A168 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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