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万見
- PDB-3avr: Catalytic fragment of UTX/KDM6A bound with histone H3K27me3 pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3avr
タイトルCatalytic fragment of UTX/KDM6A bound with histone H3K27me3 peptide, N-oxyalylglycine, and Ni(II)
要素
  • Histone H3
  • Lysine-specific demethylase 6A
キーワードOXIDOREDUCTASE/STRUCTURAL PROTEIN / Cupin superfamily / tri/dimethyllysine demethylase / OXIDOREDUCTASE-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / histone demethylase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / histone demethylase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / regulation of gene expression / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / heart development / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1370 / Cysteine Rich Protein - #20 / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 6/UTY, C-terminal helical domain / KDM6, GATA-like / Cysteine Rich Protein / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Ribbon / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Lysine-specific demethylase 6A / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Sengoku, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for histone H3 Lys 27 demethylation by UTX/KDM6A
著者: Sengoku, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 6A
B: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,47916
ポリマ－62,5782
非ポリマー90114
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.905, 83.081, 95.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 6A / Histone demethylase UTX / Ubiquitously-transcribed TPR protein on the X chromosome / Ubiquitously- ...Histone demethylase UTX / Ubiquitously-transcribed TPR protein on the X chromosome / Ubiquitously-transcribed X chromosome tetratricopeptide repeat protein


分子量: 60264.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 880-1401 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM6A, UTX / プラスミド: pET47 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O15550, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O15550, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 2313.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis / 参照: UniProt: P68431*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 402分子

#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 0.2M Li2SO4, 18-20% PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 58666 / Num. obs: 58138 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AVS

3avs


解像度: 1.803→30.357 Å / FOM work R set: 0.8734 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1983 2979 5.13 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1709 58029 --
all-58666 --
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.988 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2948 Å20 Å2-0 Å2
2--0.124 Å2-0 Å2
3----4.6761 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→30.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3920 0 50 388 4358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1015610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7771540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005724
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8031-1.86750.34442770.2771528197
1.8675-1.94230.24433110.22045458100
1.9423-2.03060.23533060.18815431100
2.0306-2.13770.23262880.16855471100
2.1377-2.27160.18262970.15515448100
2.2716-2.44690.17992860.1525516100
2.4469-2.6930.19823050.15925522100
2.693-3.08230.20852970.16825548100
3.0823-3.88220.2013120.17345561100
3.8822-30.3610.16483000.15815814100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6993-0.3698-0.45210.28210.15330.37530.2274-0.00870.1142-0.0893-0.2281-0.1003-0.0493-0.02150.01440.3111-0.0764-0.00920.25280.00420.18827.95329.2656-12.376
20.50660.2577-0.00451.09080.28111.1371-0.016-0.0146-0.01360.0091-0.02770.04570.0756-0.12780.0310.1409-0.01130.01910.15590.00890.1367-16.1254-9.3398-15.045
30.24770.1557-0.21450.6474-0.0060.26110.04-0.10310.01180.2216-0.0103-0.1080.1012-0.005-0.01870.2113-0.0151-0.02780.19340.02550.1464-7.1946-8.4648-4.4716
40.31920.3782-0.00260.62740.09470.51340.0085-0.01370.011-0.0126-0.03130.023-0.0219-0.05210.02040.1259-0.00130.01170.1326-00.1382-13.11250.4818-15.8782
50.2706-0.2418-0.04330.64430.44170.44620.1095-0.03130.08620.0517-0.14480.0081-0.20620.09060.01790.247-0.07790.03750.1549-0.00160.18643.87822.558-8.4686
60.27030.19390.15740.6125-0.12880.20490.1983-0.2022-0.02790.3667-0.1676-0.0258-0.15550.1597-0.00720.3036-0.11480.05260.2517-0.03620.1341-2.174619.5764.5763
70.0626-0.0046-0.00650.0165-0.01170.0099-0.0871-0.0149-0.02910.0708-0.080.02510.0001-0.01140.14280.6635-0.06590.09390.5669-0.00890.2979-4.22814.017914.2082
80.2897-0.03660.4120.0532-0.02780.60250.3498-0.20870.09160.1286-0.0393-0.0573-0.10240.0693-0.22410.265-0.04250.07240.2791-0.05310.2002-16.97342.212-1.9338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 886:918)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 919:1046)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 1047:1132)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 1133:1285)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 1286:1312)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 1313:1395)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 17:21)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 22:33)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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