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- PDB-3aqz: Crystal structure of Plodia interpunctella beta-GRP/GNBP3 N-termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aqz
タイトルCrystal structure of Plodia interpunctella beta-GRP/GNBP3 N-terminal domain with laminarihexaoses
要素Beta-1,3-glucan-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich / Immune receptor / beta-1 / 3-glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide immune receptor activity / (1->3)-beta-D-glucan binding / lipoteichoic acid binding / lipopolysaccharide immune receptor activity / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / regulation of innate immune response / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / lipopolysaccharide binding ...polysaccharide immune receptor activity / (1->3)-beta-D-glucan binding / lipoteichoic acid binding / lipopolysaccharide immune receptor activity / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / regulation of innate immune response / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / lipopolysaccharide binding / carbohydrate metabolic process / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-glucan-recognition protein, N-terminal domain / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal / Beta-1,3-glucan recognition protein, C-terminal / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal domain superfamily / Carbohydrate binding domain (family 32) / CBM39 (carbohydrate binding type-39) domain profile. / : / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Beta-1,3-glucan-recognition protein, N-terminal domain / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal / Beta-1,3-glucan recognition protein, C-terminal / Beta-1,3-glucan-binding protein, N-terminal domain superfamily / Carbohydrate binding domain (family 32) / CBM39 (carbohydrate binding type-39) domain profile. / : / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1,3-glucan-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plodia interpunctella (ノシメマダラメイガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kanagawa, M. / Satoh, T. / Ikeda, A. / Adachi, Y. / Ohno, N. / Yamaguchi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into recognition of triple-helical beta-glucans by an insect fungal receptor
著者: Kanagawa, M. / Satoh, T. / Ikeda, A. / Adachi, Y. / Ohno, N. / Yamaguchi, Y.
履歴
登録2010年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucan-binding protein
B: Beta-1,3-glucan-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3354
ポリマ－24,3532
非ポリマー1,9822
水2,036113
1
A: Beta-1,3-glucan-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1682
ポリマ－12,1771
非ポリマー9911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-1,3-glucan-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1682
ポリマ－12,1771
非ポリマー9911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.0240, 69.3260, 81.0240
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-1,3-glucan-binding protein / BGBP / Beta-1 / 3-glucan recognition protein / BetaGRP


分子量: 12176.650 Da / 分子数: 2 / 断片: beta-glucan binding domain, UNP residues 24-127 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plodia interpunctella (ノシメマダラメイガ)
プラスミド: pCold-I(MBP-TRX fusion) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8MU95
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Lithium chloride, 20% (v/v) PEG 3350, 5mM laminarihexaose, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 14108 / Num. obs: 13802 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1329 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AQX

3aqx


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 6.542 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 676 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 12944 97.52 %-
all-12944 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 134 113 1908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221853
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5842.0282523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41123.25686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.78715289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0241512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7991.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48521598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0483857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3384.5925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 67 -
Rwork0.244 887 -
obs--95.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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