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万見
- PDB-3aos: Crystal structure of juvenile hormone binding protein from silkwo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aos
タイトルCrystal structure of juvenile hormone binding protein from silkworm in complex with JH II
要素Hemolymph juvenile hormone binding protein
キーワードHormone binding protein / Beta-barrel / juvenile hormone / Hemolymph
機能・相同性
機能・相同性情報


TULIP domain / Haemolymph juvenile hormone binding / Takeout superfamily / Haemolymph juvenile hormone binding protein (JHBP) / Juvenile hormone binding protein domains in insects. / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JH2 / Hemolymph juvenile hormone binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Suzuki, R. / Shiotsuki, T. / Momma, M. / Yamazaki, T.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2011
タイトル: Structural mechanism of JH delivery in hemolymph by JHBP of silkworm, Bombyx mori
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Shiotsuki, T. / Tsuchiya, W. / Momma, M. / Tase, A. / Miyazawa, M. / Yamazaki, T.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2009
タイトル: NMR assignments of juvenile hormone binding protein in complex with JH III
著者: Suzuki, R. / Tase, A. / Fujimoto, Z. / Shiotsuki, T. / Yamazaki, T.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolymph juvenile hormone binding protein
B: Hemolymph juvenile hormone binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1234
ポリマ－49,5622
非ポリマー5612
水2,234124
1
A: Hemolymph juvenile hormone binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0612
ポリマ－24,7811
非ポリマー2801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemolymph juvenile hormone binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0612
ポリマ－24,7811
非ポリマー2801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.044, 46.750, 72.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemolymph juvenile hormone binding protein


分子量: 24781.092 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: hJHBP / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9U556
#2: 化合物 ChemComp-JH2 / methyl (2E,6E)-9-[(2R,3S)-3-ethyl-3-methyloxiran-2-yl]-3,7-dimethylnona-2,6-dienoate / JH II, Juvenile hormone II / 9-[(2R,3S)-3-メチル-3-エチルオキシラン-2-イル]-3,7-ジメチル-2,6-ノナジエン酸メチル


分子量: 280.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H28O3 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 15% PEG 3350, 0.05M zinc acetate, 0.1M sodium citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 24811 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1826 / % possible all: 68.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A1Z

3a1z


解像度: 2.2→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 7.455 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29076 1232 5 %RANDOM
Rwork0.23918 ---
obs0.24172 23565 90.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å20 Å20.44 Å2
2---2.9 Å20 Å2
3---5.84 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5467 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3404 0 40 124 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.994751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0265441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.42326.454141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.63715629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.811158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7811.52211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43923594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12731291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4654.51151
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.204→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 52 -
Rwork0.236 1270 -
obs--66.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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