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万見
- PDB-3ams: Crystal Structures of Bacillus subtilis Alkaline Phytase in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ams
タイトルCrystal Structures of Bacillus subtilis Alkaline Phytase in Complex with Ca2+, Cd2+, Co2+, Ni2+, Mg2+ and myo-Inositol Hexasulfate
要素3-phytase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-propeller / phytase / phytate / myo-Inositol hexasulfate / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phytase / inositol hexakisphosphate 3-phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta propeller phytase / Phytase / Beta-propeller phytase (BPP) domain profile. / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / 3-phytase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Zeng, Y.F. / Ko, T.P. / Lai, H.L. / Cheng, Y.S. / Wu, T.H. / Ma, Y. / Yang, C.S. / Cheng, K.J. / Huang, C.H. / Guo, R.T. / Liu, J.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of Bacillus alkaline phytase in complex with divalent metal ions and inositol hexasulfate
著者: Zeng, Y.F. / Ko, T.P. / Lai, H.L. / Cheng, Y.S. / Wu, T.H. / Ma, Y. / Chen, C.C. / Yang, C.S. / Cheng, K.J. / Huang, C.H. / Guo, R.T. / Liu, J.R.
履歴
登録2010年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phytase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,73913
ポリマ－39,1311
非ポリマー1,60812
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.897, 73.544, 52.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-911-

CD

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要素

#1: タンパク質 3-phytase / alkaline phytase / beta-propeller phytase / bacillus phytase / Phytate 3-phosphatase / MYO-inositol- ...alkaline phytase / beta-propeller phytase / bacillus phytase / Phytate 3-phosphatase / MYO-inositol-hexaphosphate 3-phosphohydrolase


分子量: 39131.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: phyC, phyB13 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O31097, 3-phytase
#2: 化合物 ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト


分子量: 660.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O24S6
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5mM CoCl2, 5mM CdCl2, 5mM NiCl2, 5mM MgCl2, 0.1M HEPES, 12% PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→25 Å / Num. all: 21559 / Num. obs: 21329 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル最高解像度: 2.08 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 82 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6L

1h6l


解像度: 2.08→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1001 -RANDOM
Rwork0.171 ---
all-21559 --
obs-20543 95.3 %-
溶媒の処理Bsol: 67.7355 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.461 Å20 Å20 Å2
2---11.021 Å20 Å2
3----6.44 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2735 0 47 335 3117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3512.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 82 -
Rwork0.226 --
obs-1745 82.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ligand.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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