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万見
- PDB-3am4: A372M mutant of Enoyl-ACP Reductase from Plasmodium falciparum (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3am4
タイトルA372M mutant of Enoyl-ACP Reductase from Plasmodium falciparum (PfENR) in complex with triclosan variant T1
要素Enoyl-ACP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Triclosan / Triclosan variant / Enoyl-ACP reductase / mutant / oxidoreductase / P.falciparum / FabI / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2,4-dichlorophenoxy)-3-hydroxybenzaldehyde / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-ACP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maity, K. / Banerjee, T. / Narayanappa, P. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
引用ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2011
タイトル: Effect of substrate binding loop mutations on the structure, kinetics, and inhibition of enoyl acyl carrier protein reductase from plasmodium falciparum
著者: Maity, K. / Banerjee, T. / Prabakaran, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K.
履歴
登録2010年8月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Atomic model
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-ACP reductase
B: Enoyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5026
ポリマ－74,6092
非ポリマー1,8934
水3,819212
1
A: Enoyl-ACP reductase
B: Enoyl-ACP reductase
ヘテロ分子

A: Enoyl-ACP reductase
B: Enoyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,00312
ポリマ－149,2174
非ポリマー3,7868
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area16560 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area39010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.680, 130.680, 82.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-ACP reductase / PfENR


分子量: 37304.301 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 96-424 / 変異: A372M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: fabI / プラスミド: PET-28a(+)(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BJJ9, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FT1 / 4-(2,4-dichlorophenoxy)-3-hydroxybenzaldehyde


分子量: 283.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8Cl2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 3M ammonium sulphate, 0.1M MES buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月22日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→65 Å / Num. obs: 31715 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4585 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UH5

1uh5


解像度: 2.3→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.266 / SU ML: 0.196 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 1610 5.1 %RANDOM
Rwork0.20825 ---
obs0.21083 30105 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å20 Å20 Å2
2--2.88 Å20 Å2
3----5.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4392 0 124 212 4728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9946283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4295574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81324.486185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12515760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.361518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.52851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41524558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06431776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1584.51724
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 112 -
Rwork0.304 2198 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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