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万見
- PDB-3akz: Crystal structure of Thermotoga maritima nondiscriminating glutam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3akz
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima nondiscriminating glutamyl-tRNA synthetase in complex with tRNAGln and a glutamyl-AMP analog
要素
  • Glutamyl-tRNA synthetase 2
  • tRNAGln
キーワードLIGASE/RNA / Protein-rna complex / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1 / Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #350 / Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / : ...Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1 / Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #350 / Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / : / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE / RNA / RNA (> 10) / Glutamate--tRNA ligase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ito, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Two enzymes bound to one transfer RNA assume alternative conformations for consecutive reactions.
著者: Ito, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2010年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glutamyl-tRNA synthetase 2
D: Glutamyl-tRNA synthetase 2
C: Glutamyl-tRNA synthetase 2
A: Glutamyl-tRNA synthetase 2
F: tRNAGln
H: tRNAGln
G: tRNAGln
E: tRNAGln
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,20812
ポリマ－325,3078
非ポリマー1,9024
水00
1
B: Glutamyl-tRNA synthetase 2
F: tRNAGln
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8023
ポリマ－81,3272
非ポリマー4751
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area30390 Å2
手法PISA
2
D: Glutamyl-tRNA synthetase 2
H: tRNAGln
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8023
ポリマ－81,3272
非ポリマー4751
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area31470 Å2
手法PISA
3
C: Glutamyl-tRNA synthetase 2
G: tRNAGln
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8023
ポリマ－81,3272
非ポリマー4751
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area31280 Å2
手法PISA
4
A: Glutamyl-tRNA synthetase 2
E: tRNAGln
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8023
ポリマ－81,3272
非ポリマー4751
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.203, 159.903, 156.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutamyl-tRNA synthetase 2 / Glutamate-tRNA ligase 2 / GluRS 2


分子量: 57468.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: gltX2, TM_1875 / プラスミド: PET-28B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q9X2I8, glutamate-tRNA ligase
#2: RNA鎖
tRNAGln


分子量: 23858.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 Transcription
#3: 化合物
ChemComp-GSU / O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE / 5′-O-(α-グルタミルスルファモイル)アデノシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 475.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N7O9S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% 2-propanol, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rotated-inclined Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 59965 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5139 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AFH, 1N78

3afh

1n78


解像度: 2.9→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: The crystal harbors twinning, and all refinement processes were performed with the twinning operator (h, -k, -l) with the twinning fraction of 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2692 -Random
Rwork0.2 ---
all-59965 --
obs-56044 81.6 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.772 Å20 Å2-5.637 Å2
2--19.94 Å20 Å2
3----11.168 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15420 6324 128 0 21872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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