+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ajq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human H ferritin E140Q mutant | ||||||
![]() | Ferritin heavy chain | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 4-helix-bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Masuda, T. / Mikami, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The universal mechanism for iron translocation to the ferroxidase site in ferritin, which is mediated by the well conserved transit site 著者: Masuda, T. / Goto, F. / Yoshihara, T. / Mikami, B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 42.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| x 24|||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21123.475 Da / 分子数: 1 / 変異: E140Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.0M magnesium chloride, 0.1M Bicine (pH 9.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 36113 / Num. obs: 36077 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 13.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Num. unique all: 3535 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Wild type human H ferritin 解像度: 1.58→27.809 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.869 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.731 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→27.809 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|