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- PDB-3ajg: Crystal structure of PcyA V225D-biliverdin IX alpha complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ajg
タイトルCrystal structure of PcyA V225D-biliverdin IX alpha complex
要素Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta/alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能
Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase - #20 / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wada, K. / Hagiwara, Y. / Fukuyama, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: One residue substitution in PcyA leads to unexpected changes in tetrapyrrole substrate binding.
著者: Wada, K. / Hagiwara, Y. / Yutani, Y. / Fukuyama, K.
履歴
登録2010年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
B: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5104
ポリマ－56,3442
非ポリマー1,1652
水3,639202
1
A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7552
ポリマ－28,1721
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7552
ポリマ－28,1721
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.046, 74.875, 84.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase


分子量: 28172.113 Da / 分子数: 2 / 変異: V225D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.8-1.0M NaH2PO4, 1.0-1.2M K2HPO4, 100mM sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月11日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 36692 / Num. obs: 36692 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 3623 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D1E

2d1e


解像度: 1.9→32.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 4.257 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29483 1842 5 %RANDOM
Rwork0.23081 ---
all0.2316 34843 --
obs0.23403 34843 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 86 202 4098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2811.9945442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8295476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.70724.639194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.49215653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6721525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.21869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2890.26
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3520.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3461.52493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1941.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04523881
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86831749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.234.51561
LS精密化 シェル解像度: 1.905→1.954 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 107 -
Rwork0.215 2486 -
obs--96.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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