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- PDB-3agl: Complex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor ARC-1039 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3agl
タイトルComplex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor ARC-1039
要素cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PKA / protein kinase A / bisubstrate inhibitor / ARC-1039 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of interleukin-2 production / PKA activation / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Triglyceride catabolism / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / RET signaling / cAMP/PKA signal transduction / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / plasma membrane raft / Regulation of MECP2 expression and activity / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / regulation of proteasomal protein catabolic process / regulation of cardiac conduction / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of macroautophagy / sperm flagellum / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / Ion homeostasis / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of gluconeogenesis / Mitochondrial protein degradation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / cellular response to glucagon stimulus / CD209 (DC-SIGN) signaling / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / acrosomal vesicle / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of heart rate / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of smoothened signaling pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / peptidyl-serine phosphorylation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / mRNA processing / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / manganese ion binding / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein phosphorylation / postsynapse / protein kinase activity
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARC-1039 / Chem-A03 / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pflug, A. / Ragozina, J. / Uri, A. / Bossemeyer, D. / Engh, R.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Diversity of bisubstrate binding modes of adenosine analogue-oligoarginine conjugates in protein kinase a and implications for protein substrate interactions.
著者: Pflug, A. / Rogozina, J. / Lavogina, D. / Enkvist, E. / Uri, A. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D.
履歴
登録2010年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5574
ポリマ－81,7772
非ポリマー1,7802
水4,234235
1
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7792
ポリマ－40,8891
非ポリマー8901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7792
ポリマ－40,8891
非ポリマー8901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.180, 105.170, 106.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40888.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKACA, PRKACA / プラスミド: pET-285b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A03 / (10R,20R,23R)-1-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-20,23-bis(3-carbamimidamido propyl)-10-methyl-1,8,11,18,21-pentaoxo-2,9,12,19,22-pentaazatetracosan-24-amide / ARC-1039


タイプ: peptide-like, Non-polymer / クラス: 阻害剤 / 分子量: 890.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H63N17O9 / 参照: ARC-1039
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 80 mM Mes-BisTris, 75 mM LiCl, 1.5 mM octanoyl-N-methylglucamide; mixed 2:1 with and equilibrated against 40%(v/v) MPD, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.23985 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→52.32 Å / Num. all: 48725 / Num. obs: 48701 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 7001 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CDK

1cdk


解像度: 2.1→52.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.216 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2459 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 46179 99.95 %-
all-48661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→52.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5607 0 126 235 5968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9777939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3615676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06124.126286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52915.0431040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7371530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.53390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32325478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0232493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3154.52461
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 185 -
Rwork0.222 3351 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7220.06360.11152.2964-0.92191.1376-0.02280.06480.0415-0.0506-0.0318-0.1704-0.09710.08430.05470.0221-0.00360.01110.07270.00620.0281-11.0430.1727.872
21.1787-0.00450.21262.4223-0.49260.776-0.01140.09870.1863-0.0641-0.0147-0.0565-0.09870.00970.02620.0209-0.00180.0030.05240.0150.0313-11.25950.033-25.233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2A - B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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