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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ag1 | ||||||
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タイトル | Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Carbon Monoxide-bound Fully Reduced State at 280 K | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / Copper / Electron transport / Formylation / Heme / Iron / Membrane / Mitochondrion / Mitochondrion inner membrane / Respiratory chain / Transmembrane / Transport / Acetylation / Transit peptide / Zinc / Isopeptide bond / Ubl conjugation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Muramoto, K. / Ohta, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Kanda, K. / Taniguchi, M. / Nabekura, H. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Bovine cytochrome c oxidase structures enable O2 reduction with minimization of reactive oxygens and provide a proton-pumping gate 著者: Muramoto, K. / Ohta, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Kanda, K. / Taniguchi, M. / Nabekura, H. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ag1.cif.gz | 813.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ag1.ent.gz | 664.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ag1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ag1_validation.pdf.gz | 9.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ag1_full_validation.pdf.gz | 9.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ag1_validation.xml.gz | 196.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ag1_validation.cif.gz | 242.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/3ag1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/3ag1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 12種, 24分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVKXLYMZ
#1: タンパク質 | 分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase #2: タンパク質 | 分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase #3: タンパク質 | 分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase #4: タンパク質 | 分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423, cytochrome-c oxidase #5: タンパク質 | 分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426, cytochrome-c oxidase #6: タンパク質 | 分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428, cytochrome-c oxidase #7: タンパク質 | 分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471, cytochrome-c oxidase #8: タンパク質 | 分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429, cytochrome-c oxidase #9: タンパク質 | 分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038, cytochrome-c oxidase #11: タンパク質 | 分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183, cytochrome-c oxidase #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430, cytochrome-c oxidase #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175, cytochrome-c oxidase |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 JW
#10: タンパク質 | 分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470, cytochrome-c oxidase #26: 糖 | ChemComp-DMU / |
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-非ポリマー , 15種, 1421分子
#14: 化合物 | ChemComp-HEA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-TGL / #20: 化合物 | ChemComp-PGV / ( #21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-CHD / #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-CDL / #27: 化合物 | #28: 化合物 | ChemComp-PEK / ( #29: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.67 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | 日付: 2004年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→94.9 Å / Num. obs: 353208 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2EIJ 解像度: 2.2→40 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
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