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万見
- PDB-3afq: Crystal structure of the single-stranded DNA binding protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3afq
タイトルCrystal structure of the single-stranded DNA binding protein from Mycobacterium leprae (Form II)
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OB-fold / quaternary structure and stability / changes on oligomerisation / water-bridges / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium leprae (らい菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kaushal, P.S. / Singh, P. / Sharma, A. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: X-ray and molecular-dynamics studies on Mycobacterium leprae single-stranded DNA-binding protein and comparison with other eubacterial SSB structures
著者: Kaushal, P.S. / Singh, P. / Sharma, A. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and ...タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and variability in quaternary association
著者: Saikrishnan, K. / Manjunath, G.P. / Singh, P. / Jeyakanthan, J. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis single-stranded DNA-binding protein. Variability in quaternary structure and its implications
著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of human mitochondrial single-stranded DNA binding protein at 2.4 A resolution
著者: Yang, C. / Curth, U. / Urbanke, C. / Kang, C.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the homo-tetrameric DNA binding domain of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein determined by multiwavelength x-ray diffraction on the ...タイトル: Crystal structure of the homo-tetrameric DNA binding domain of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein determined by multiwavelength x-ray diffraction on the selenomethionyl protein at 2.9-A resolution
著者: Raghunathan, S. / Ricard, C.S. / Lohman, T.M. / Waksman, G.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: Single-stranded DNA-binding protein
D: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8784
ポリマ－70,8784
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.486, 102.486, 120.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEALAALAAA7 - 157 - 15
21ILEILEALAALABB7 - 157 - 15
31ILEILEALAALACC7 - 157 - 15
41ILEILEALAALADD7 - 157 - 15
12VALVALSERSERAA28 - 3528 - 35
22VALVALSERSERBB28 - 3528 - 35
32VALVALSERSERCC28 - 3528 - 35
42VALVALSERSERDD28 - 3528 - 35
13ALAALAILEILEAA52 - 5952 - 59
23ALAALAILEILEBB52 - 5952 - 59
33ALAALAILEILECC52 - 5952 - 59
43ALAALAILEILEDD52 - 5952 - 59
14ALAALAGLYGLYAA63 - 8163 - 81
24ALAALAGLYGLYBB63 - 8163 - 81
34ALAALAGLYGLYCC63 - 8163 - 81
44ALAALAGLYGLYDD63 - 8163 - 81
15VALVALALAALAAA99 - 11599 - 115
25VALVALALAALABB99 - 11599 - 115
35VALVALALAALACC99 - 11599 - 115
45VALVALALAALADD99 - 11599 - 115

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein


分子量: 17719.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (らい菌) / 株: TN / 遺伝子: ssb / プラスミド: pET21a, pMLSSB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46390
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 3M NaCl, pH 7.5, microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.61
11-h,-k,l20.39
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 18449 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 75.7 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1810 / Rsym value: 0.517

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AFP

3afp


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Data was twined, 0.356 twining fraction and -h -k l twin operator. Twining correction was applied throughout the refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23545 916 5 %RANDOM
Rwork0.21129 ---
obs0.21246 17563 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.41 Å20 Å20 Å2
2--3.41 Å20 Å2
3----6.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3165 0 0 154 3319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9484340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8885418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94523.03132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18915490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8661534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6631.52120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.46423388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.10631073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3034.5952
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A244tight positional0.080.05
B244tight positional0.070.05
C244tight positional0.070.05
D244tight positional0.080.05
A203medium positional0.090.5
B203medium positional0.080.5
C203medium positional0.070.5
D203medium positional0.080.5
A244tight thermal0.220.5
B244tight thermal0.220.5
C244tight thermal0.210.5
D244tight thermal0.230.5
A203medium thermal0.282
B203medium thermal0.262
C203medium thermal0.232
D203medium thermal0.262
LS精密化 シェル解像度: 2.799→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 54 -
Rwork0.346 1250 -
obs--97.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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