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万見
- PDB-3abs: Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3abs
タイトルCrystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli complexed with adeninylpentylcobalamin and ethanolamine
要素(Ethanolamine ammonia-lyase ...) x 2
キーワードLYASE / (beta/alpha)8 fold / Cobalt / Cobalamin
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine ammonia-lyase / ethanolamine ammonia-lyase activity / ethanolamine ammonia-lyase complex / ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / cobalamin binding / amino acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC), N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / lyase / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain, C-terminal / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, domain 2 / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) ...Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC), N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / lyase / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain, C-terminal / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, domain 2 / Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain, N-terminal domain / Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC) / Ethanolamine ammonia lyase large subunit (EutB) / DNA Binding (I), subunit A / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Annexin V; domain 1 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CO-(ADENIN-9-YL-PENTYL)-COBALAMIN / ETHANOLAMINE / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Shibata, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of ethanolamine ammonia-lyase complexed with coenzyme B12 analogs and substrates.
著者: Shibata, N. / Tamagaki, H. / Hieda, N. / Akita, K. / Komori, H. / Shomura, Y. / Terawaki, S. / Mori, K. / Yasuoka, N. / Higuchi, Y. / Toraya, T.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,13615
ポリマ－165,2904
非ポリマー3,84611
水11,890660
1
A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子

A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子

A: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
B: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
C: Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
D: Ethanolamine ammonia-lyase light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,40745
ポリマ－495,86912
非ポリマー11,53833
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area70430 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area123090 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21520 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area42990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.730, 242.730, 76.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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Ethanolamine ammonia-lyase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia-lyase large subunit


分子量: 49447.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2441, eutB, JW2434 / プラスミド: pUSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0AEJ6, ethanolamine ammonia-lyase
#2: タンパク質 Ethanolamine ammonia-lyase light chain / Ethanolamine ammonia-lyase small subunit


分子量: 33197.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2440, eutC, JW2433 / プラスミド: pUSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P19636, ethanolamine ammonia-lyase

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非ポリマー , 5種, 671分子

#3: 化合物 ChemComp-COY / CO-(ADENIN-9-YL-PENTYL)-COBALAMIN


分子量: 1537.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C72H106CoN18O14P
#4: 化合物 ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン


タイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 6.0-7.0% (w/v) PEG 4000, 24-26% (v/v) glycerol, 1.0 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M imidazole-HCl, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 120002 / Num. obs: 120002 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 6841 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3ABO

3abo


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.906 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24439 6020 5 %RANDOM
Rwork0.21378 ---
obs0.21533 113966 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0.25 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10760 0 261 660 11681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.99715306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.11151420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24724.367490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.899151891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.471585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5431.57013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.402211278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9844.54228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.27964023
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3359medium positional0.240.5
22B1112medium positional0.390.5
22D682loose positional0.475
11C3359medium thermal1.752
22B1112medium thermal4.382
22D682loose thermal4.1810
LS精密化 シェル解像度: 2.252→2.311 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 382 -
Rwork0.281 7268 -
obs--85.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5182-0.1387-0.06991.25390.0270.64490.06070.0385-0.1176-0.17460.01290.29940.1682-0.1379-0.07350.1286-0.1177-0.09980.16810.02460.282693.774-94.857-8.571
20.83480.378-0.36311.62010.20460.4081-0.03570.3018-0.0589-0.5812-0.04310.7470.0423-0.33810.07880.4233-0.1694-0.41780.4998-0.05630.690773.8184-100.4201-27.2906
30.4375-0.05360.02321.4087-0.05570.96780.03180.0276-0.0105-0.00480.05130.4459-0.1264-0.2801-0.08310.04940.02910.00290.19280.08010.333285.651-59.708-2.787
40.9111-0.05380.03651.43470.09421.32530.0222-0.1688-0.08970.49560.12961.0072-0.1223-0.6575-0.15180.21410.07220.36460.5780.18260.934465.159-63.40615.825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 453
2X-RAY DIFFRACTION2B44 - 295
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 453
4X-RAY DIFFRACTION4D44 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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