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- PDB-3abg: X-ray Crystal Analysis of Bilirubin Oxidase from Myrothecium verr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3abg
タイトルX-ray Crystal Analysis of Bilirubin Oxidase from Myrothecium verrucaria at 2.3 angstrom Resolution using a Twin Crystal
要素Bilirubin oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bilirubin Oxidase / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


bilirubin oxidase activity / bilirubin oxidase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN MOLECULE / Bilirubin oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Albifimbria verrucaria (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mizutani, K. / Toyoda, M. / Sagara, K. / Takahashi, N. / Sato, A. / Kamitaka, Y. / Tsujimura, S. / Nakanishi, Y. / Sugiura, T. / Yamaguchi, S. ...Mizutani, K. / Toyoda, M. / Sagara, K. / Takahashi, N. / Sato, A. / Kamitaka, Y. / Tsujimura, S. / Nakanishi, Y. / Sugiura, T. / Yamaguchi, S. / Kano, K. / Mikami, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: X-ray analysis of bilirubin oxidase from Myrothecium verrucaria at 2.3 A resolution using a twinned crystal
著者: Mizutani, K. / Toyoda, M. / Sagara, K. / Takahashi, N. / Sato, A. / Kamitaka, Y. / Tsujimura, S. / Nakanishi, Y. / Sugiura, T. / Yamaguchi, S. / Kano, K. / Mikami, B.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / diffrn / entity / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / symmetry
Item: _cell.volume / _chem_comp.formula ..._cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.occupancy_max / _refine.occupancy_min / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_param_bsol / _refine.solvent_model_param_ksol / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.number_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_diffrn_id / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref.db_code / _struct_sheet.id / _struct_sheet.number_strands / _symmetry.space_group_name_Hall

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bilirubin oxidase
B: Bilirubin oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,67524
ポリマ－120,0192
非ポリマー3,65522
水2,918162
1
A: Bilirubin oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,67512
ポリマ－60,0101
非ポリマー1,66611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
B: Bilirubin oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,99912
ポリマ－60,0101
非ポリマー1,99011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.742, 139.742, 135.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bilirubin oxidase


分子量: 60009.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Albifimbria verrucaria (菌類) / 参照: UniProt: Q12737, bilirubin oxidase

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 180分子

#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細BECAUSE TWINNED REFINEMENT CAN GIVE ARTIFICIALLY LOW R-VALUES, PARTS OF THE DEPOSITED STRUCTURE MAY ...BECAUSE TWINNED REFINEMENT CAN GIVE ARTIFICIALLY LOW R-VALUES, PARTS OF THE DEPOSITED STRUCTURE MAY NOT BE FREE OF SIGNIFICANT ERRORS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% 2-methyl-2,4-pentanediol(MPD), 1.44M ammonium sulfate, 10% glycerol, 0.5M KCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月16日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.487
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 66384 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6514 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→33.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 22.4394
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1858 3318 5.14 %RANDOM
Rwork0.158 61225 --
obs0.1729 64543 96.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8454 0 216 162 8832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01078932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.037712200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.87773224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.30861540.28262698X-RAY DIFFRACTION81.07
2.34-2.380.32291350.27532847X-RAY DIFFRACTION86.56
2.38-2.430.30491550.25752897X-RAY DIFFRACTION86.87
2.43-2.480.27021570.25072982X-RAY DIFFRACTION89.25
2.48-2.530.3211560.24682978X-RAY DIFFRACTION89.94
2.53-2.590.28541360.23443043X-RAY DIFFRACTION90.78
2.59-2.650.26451660.24133008X-RAY DIFFRACTION91.18
2.65-2.730.28131880.22673064X-RAY DIFFRACTION92.07
2.73-2.810.24971830.2143063X-RAY DIFFRACTION91.76
2.81-2.90.25781580.20713113X-RAY DIFFRACTION93.68
2.9-30.21981600.21173133X-RAY DIFFRACTION94.11
3-3.120.19782020.19633094X-RAY DIFFRACTION93.19
3.12-3.260.19771490.18873180X-RAY DIFFRACTION95.18
3.26-3.430.21051680.18943153X-RAY DIFFRACTION94.54
3.43-3.650.18151640.17123165X-RAY DIFFRACTION94.9
3.65-3.930.1791710.15513162X-RAY DIFFRACTION94.61
3.93-4.320.171860.13643167X-RAY DIFFRACTION94.45
4.32-4.950.14261600.1213167X-RAY DIFFRACTION94.85
4.95-6.220.14141490.12153200X-RAY DIFFRACTION94.93
6.23-33.560.15411660.14563166X-RAY DIFFRACTION92.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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